杂化后的轨道电子怎么分配轨道中的电子数如何确定?

第27卷 第6期 大 学 化 学 Vo1.27No.6 2012年 12月 UNIVERSITY CHEMISTRY Dec.20l2 杂化电子的离域和轨道杂化的起因 周再春 刘秋华 (湖南科技大学化学化工学院化学系 湖南湘潭411201) 摘要 从杂化电子离域的角度讨论轨道杂化的产生 ,提出电子交换是轨道杂化的根本原因。同时提出分 子相对离域能和绝对离域能的概念及计算方法,说明相邻原子轨道之间的电子离域对体系稳定的重要性,并 用电子离域的观点对杂化分子的许多现象进行了解释。 关键词 轨道杂化 电子交换 电子离域 离域能 原子在成键时受到相邻原子的作用,原有的一些能量接近的原子轨道重新组合成新的原子轨道.使 轨道发挥更高的成键效能,这叫做轨道杂化。该概念是美国化学家鲍林在 1931年首先提出的,经过不 断深化和完善,现已成为当今化学键理论的重要内容之一。杂化轨道的成键能力比原轨道的成键能力 大大提高,因此由杂化轨道成键时给体系带来的稳定能远远超过杂化时需要的能量。那么为什么杂化 后轨道的成键能力会大大提高呢?定域键的多原子分子可以看成是由相对独立的两个原子之间的化学 键把原子连接起来形成的。价键理论 (VBT)认为,分子中化学键之间的相互作用近似为零_1],即相邻 化学键之间的影响可以忽略。但这种影响是否真的可以忽略呢?另外,为什么能量相近的轨道才可以 参与杂化,不完全等价的轨道在杂化后能量还会平均化吗?基于这些疑问,我们推测,轨道的杂化远不 是几个成键轨道的简单组合,而是涉及到杂化电子的强烈相互作用—— 电子离域。 1 轨道杂化起因的推测 一 般将饱和共价键当作定域化学键来看待 ,忽略了相邻化学键之间的影响。但轨道杂化时给体系 带来了明显的稳定化作用l1],这很难用定域键的观点来解释,也就是说相邻化学键之间的影响(主要是 电子离域)是不能忽略的。共价键是原子间通过共用 电子对 (电子云重叠)而形成的相互作用,形成重 叠电子云的电子在所有成键的原子周围运动,那么能量接近的电子在相邻成键轨道间互相交换应当完 全可行。可以推测:原子轨道间电子的交换 (即电子互相跃迁)导致了电子的离域化作用,相邻原子轨 道间的电子离域是轨道杂化的直接原因.而轨道杂化的根本原因是电子在原子轨道间的频繁交换。这 个推测能很好地解释轨道杂化时对轨道能级的要求,以及杂化后总能量的降低和键参数的平均化等。 轨道杂化要求参与杂化的轨道能级必须接近 ,以确保 电子在杂化前的轨道问能顺利地互相跃迁 。这 是电子离域的前提;若轨道能级差过大,不利于电子在轨道间的跃迁,也就无从离域。轨道杂化 (或电 子离域)的根本原因是杂化电子在原子轨道间的交换 (电子互相跃迁)。 轨道杂化引起体系能量的降低。杂化电子离域起源于电子在原子轨道间的交换,而电子的交换使 其 占据了比定域轨道更大的空间,电荷更分散,电子云重叠更充分.表现为电子离域的特征,从而引起整 个体系能量降低。轨道杂化后键参数的平均化则是因为电子的交换,引起了能量的交换,键能平均化 了,键长等参数也随之平均化。 2 杂化电子离域的证据 杂化电子离域的存在和影响很容易从理论上予以推导.但是这种离域现象很难得到直接证明,因为 基金资助:湖南省有机化学精品课程建设项 目;国家 自然科学基金项 目(No;湖南省教育厅青年项 目(No.10B031) $ 通讯联系人 。E—mail:zhouzaichun@hnust.edu.cn 万方数据 78 大 学 化 学 第 27卷 目前的测试手段不可能对具体电子进行跟踪。然而这种电子离域却很容易通过跟不饱和共轭体系的对 比得到验证。共轭体系中 电子离域的观点已被普遍接受,也得到很多实验事实的支撑。耵电子离域 的结果是参与离域的化学键键参数(如键长、键能等)平均化,体系的总能量较离域前大大降低,而使体 系更稳定。如苯的CC键长(1.39A)介于C—C单键键长(1.s4A)和 C=C双键键长 (1.34A)之间,分

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1) 电荷密度图、差分电荷密度图及ELF的原理

   影响ELF准确性的参数有哪些?  在计算效率与准确性/精确性之间权衡。

4)    差分电荷电荷密度图与ELF判断成键情形的各自优缺点

       (软件开发者,这三方面都做得非常好;其他使用者,应将关注重点放在后面两个部分)

(1) 价电荷态密度图计算时,必须将NGX/Y/Z注释掉,不然结果有误

请大家交流一下VESTA软件的用法

这个取值是你自己取得,就看画出的图能不能描述出问题的所在,比如你中心原子电荷是0.5,外部空间是0.2,那你就不能将0-1取为一个颜色,因为这样你无法分辨外部中心原子和外部空间。VESTA作图的单位我还真不清楚,我做密度图的时候都是用lev00然后导出数据用origin画的,不过好像VESTA的单位和VASP的单位不太一样,这个你自己查一下

a)首先,VESTA的作用可以是--画晶体结构,当你知道了晶体的空间群,原子的Wyckoff坐标之后,就可以用VESTA画结构了:

group处之后,如果setting是1,则显示为Pnma,如果setting为3,则显示为Pbnm,实际上这两个空间群是等价的。

(2)接下来,structure parameters处,点击New,然后在Symbol处选择你想输入的元素,Label处输入你想显示的标签,同时把x,y和z后面的空格处填上该元素的坐标,则该原子输入完毕,再点击New,输入其他原子坐标,直至完成。

(3)完成之后,你将看到你所画的晶体结构图。

(4)对于该图,你可以有多种显示方式,例如键线式,八面体或四面体等等。这需要如下步骤来做到--点击Edit->Bonds->点击New,然后将A1和A2处填上成键的原子,例如考虑体系BiFeO3,如果想显示Bi-O八面体,则可把A1处的原子写成Bi,A2处写成O,然后注意调整Min. length和Max. length处的数值,这两个值的意思是,如果A2原子到A1原子的距离在Min. length和Max. length数值之间,则认为这两个原子成键,两原子直接连一线。然后点击OK即可。

(5)如果要八面体或者四面体显示该晶体,在完成前4步之后,点击Style按钮,选上Polyhedral,则可以以多面体显示

(6)Objects->Properties处可以改变显示的风格--例如可以改变多面体的颜色,可以使用超晶报显示等等。

      完成上述步骤后,点击File->Export data,你将把你画的晶体以不同格式导出,包括cif格式以及vasp格式等等,vasp格式导出的结果,第一行是你造的晶体的名称,由你来取,默认为New structure;第二行一般为1.0,是基矢的缩放系数,接下来的三列是基矢,也就是格子的abc轴的描述矢量;接下来是元素种类,接下来是不同种类元素的原子个数,接下来是原子坐标--导出的这部分数据可以作为VASP的POSCAR,也可以经过拷贝黏贴之后修改格式作为PWSCF,ABINIT,ELK等软件的晶体坐标输入。


(b)VESTA可以显示电荷密度,

level处的数值做适当调整,你将显示出漂亮的电荷密度等高线图。

atoms,你将获得通过这个原子,且是你选定晶面上的2D电荷密度。

(3)你同样可以试着在Edit->Lattice planes处做类似操作,获得在原晶体结构上显示的某一晶面的2D电荷密度投影。

最最简单的玩法是,当你把Rotation matrix P第三行第三列的那个数值由1改成2的时候,你将获得z方向的超晶报;同理如果把第二行第二列的数值由1改为2,你将或者y方向的超晶胞。

VESTA是一个功能很强大的晶体建模显示工具,我个人认为其基本上可以囊括MS的可视化模块,而且显示起来的图更好看。也希望大家多多交流,说说你所知道的VESTA的用法或作用。有金币悬赏!

电子局域函数源表征:电子的局域化分布特征:用于确定成键类型和找出孤对电子分布的理由。

       具体的推导过程请大家自行查看文献,我们主要关心的是它的用途,也就是为什么它能被用于确定成键类型和找出孤对电子分布的理由。
        按照定义,ELF的值在0到1之间,取上限值1表示电子完全局域化,而0值可能表示电子完全离域化(当然也可能是表示该处没有电子 )而ELF=1/2这个中间值则表示该处电子形成了类似于电子气的电子对分布(原文是electron-gas-like


(2)  另外,这种的差分一般定义是: scf电荷减去非scf电荷

(2) 差分电荷密度从Gaussian的解释

     在量化图形中,电子密度差Δρ尤其重要!它应是传统的原子净电荷概念的扩大和空间化,它直接从MO而来,真实地、科学抽象地表现了电荷在分子空间分布的净变化,不再只将净电荷人为地局限、归结、划分在某个原子上。

      我们如果仅看分子轨道图、电子密度图,象上面的HF分子的σ键电子密度图,它是据HF分子第3个MO即σ键作的电子密度图,它们那么浑圆、憨厚、质朴,很难看出什么。它是一片云,难察其意。

     而一旦作出了电子密度差,成键原子前后变化、分子之间络合、氢健、吸附等,电子增减的净变化,被鲜明地、细微地突出了,可以发现许多新东西、意想不到的东西,从而引人入思。

       如从上面的HF分子的σ键电子密度差图Δρ,并参照MO系数来看,这个σ键可以分析为三个内含:

      第一、原子以基组形式参与成键,这基组或者可以看作是广义的杂化。

         对于成键来说,基组一方面是为了弥合不同AO的波形的差距,融合成平滑、完整、统一的MO,另一方面是为了应对键间电子向键轴的聚集、收缩和原子之间的电子转移。

          基组不仅是计算需要的一组数学表达式,当它们分配了系数、安排了电子,它就形成了一个新的广义杂化的空间AO,是具有能级值或说是电负性的,是有确定物理意义的,它是成键电子的载体、基础。

       从HF分子Δρ图可以清楚地看到,H缺失了大量的电子,导致电负性升高;F增加了大量的电子,导致电负性降低,直至二者电负性相等、均衡。【Roald关于电负性讨论的文章】

       有趣的是,通常说sp杂化,用增大的一瓣去成键以增大重叠能力。但在HF中,MO的基组中s、p却是反位相的杂化,即HF以缩小的一瓣去成键,而用增大的一瓣去装转移过来的过多电子,这转移电子妥善安排在离键区远的外面集结。

    从HF分子Δρ图看,在H和F之间也有明显的电子聚集。这是人所共知的成键的关键表征。

    此外,这种电子往键中间聚集、形成对二核的屏蔽加强,会减小原子核之间的排斥力,有利于降低体系的总体能量。

但是它的density(ρ)只是全分子的,分子的所有MO的电子密度加和,还自然包含分子中的1S、2S轨道,用图形展示出来是一个圆滚滚的样子,很难说明什么,也不利作密度差。

     我们常常需要考察的是分子成键的单个特定的MO(或者孤对电子MO等)。

而G03的cubegen不能作某个MO的ρ,将某个MO的cube输入到cubman也不能作平方运算作成ρ,因为cubman缺少平方运算。

    而且cubegen的空间数值格点输出文件,是没有坐标的。它的坐标隐含在输出文件的开始部分:空间网格每个边的格点数、空间格点的起始点、格点间隔。除了与其配套的软件外,其它软件很难用这个数据加工或作图。

      Sobereva 博士【大牛哈;从程序开发到化学物理概念理解,到具体应用】专门开发的gsgrid程序就是为解决上述问题制作的,它把格点文件的数据提取出来,附上每个数据点的坐标。可以选取指定的XY/YZ/XZ平面,得到这个平面上的数据点以便做等值线图(MO图、ρ图),或对数据进行各种运算加工(作平方、作差值等),然后再作等值线图(Δρ图)。

gsgrid程序附有详细的使用说明,一看就会。

而进入高超的sigmaplot中作等值线,更是功能强大、得心应手!

单个原子的AO的获得,要单算。

如除了算HF外,H和F还要另外单算,而且它们要与HF有同样指定的空间格点规格,且与HF中的H和F有相同的坐标位置,相同的基组。

如果是算整体的ρ来相差,这样得到的三个cube,进入gsgrid作三个xy截面G1、G2、G3,再用HF的G1减去H和F的G2、G3,即得电子密度差。进入sigmaplot作图、调整即得等值线图。

如果想作精细一些,需要在HF中指定一个MO来作,如上面的σ键的MO,它是第3个MO。F也要选定那个单电子的AO,H就是一个了。用指定的MO作三个cube,进入gsgrid作三个xy截面G1、G2、G3,再对这三个xy截面分别作平方使成为电子密度,HF的这个轨道有2个电子,还要乘以2。再用HF的减去H和F的,即得电子密度差。进入sigmaplot作图、调整即得等值线图。

实践表明,因为这时由原子到分子,真正发生电子净变化的主要是σ成键轨道。内层F1s等基本没有变化,相差之后抵消了,而F的孤对电子轨道,虽然因为通过σ键诱导过来部分电子,对有效核电荷的屏蔽加强,使核对孤对电子pi吸引能力减小、能级升高,表现为轨道膨胀、弥散,但由于我们的xy截面是对σ键的中心剖面,对这个截面,孤对电子pz与之是正交的、xy截面是其节点,没有截取到值,另一孤对电子py也因弥散影响甚微。所得到的电子净变化图形,与上面根据σ成键轨道MO作出它的没有原则性的差别。

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