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&在blast上对比出来的百分值都为100%，为什么用mega6做出来的进化树数值很低？
在blast上对比出来的百分值都为100%，为什么用mega6做出来的进化树数值很低？
作者 rickeyqu1030
做了个18S ribosomal RNA ，长度为628bp，选中Query cover和Ident都为100%的序列下载，用mega6.0也对齐了序列，剪掉了两边多余的部分，但是做出来的进化树的数值都很低，基本上都是十几或者二十几，怎么解决？
QQ图片51.png
可能是设置的问题，或者说是算法或软件的bug。有点类似于有两组数:10、12和156；10，11和12。第一组数做归类时，最后一个数156很容易跟另外两个分开，也就是做进化树置信度很高；第二组三个归类时就很难分开，软件处理的话置信度会很低。你的情况类似于第二组数。感觉你做进化树的目的还不是很明确，先想清楚你为什么要做进化树，然后再选择序列，或者多看看文献，很少有人直接用blast得到的序列。
引用回帖:: Originally posted by liuderong at
可能是设置的问题，或者说是算法或软件的bug。有点类似于有两组数:10、12和156；10，11和12。第一组数做归类时，最后一个数156很容易跟另外两个分开，也就是做进化树置信度很高；第二组三个归类时就很难分开，软件处 ... 我做的是内生真菌次生代谢产物，需要用建立进化树的方式来寻找亲缘性高的已知菌种，来确定我的真菌的属种，那不用blast得到序列，应该用什么方法呢，
你这100%的序列是不是都是同一个属的，如果特别相近的序列是没有办法用比较序列来分类的。
引用回帖:: Originally posted by hanxiaominhu at
你这100%的序列是不是都是同一个属的，如果特别相近的序列是没有办法用比较序列来分类的。 我的菌现在属于未知菌种，所以想通过这个方法确定一下属种
引用回帖:: Originally posted by rickeyqu1030 at
我的菌现在属于未知菌种，所以想通过这个方法确定一下属种... 我也遇到同样的问题，一直做不出来，能否跟你交流一下，QQ号：
引用回帖:: Originally posted by 123q明 at
我也遇到同样的问题，一直做不出来，能否跟你交流一下，QQ号：... 这个只能靠运气试了
引用回帖:: Originally posted by rickeyqu1030 at
这个只能靠运气试了... 这个跟运气有关系么？你做出来了吧？
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MEGA4做的进化树中怎么显示bootstrap 值
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肯定是你那里出错了，一定要注意bootstrap 的参数设置，如果你没有看到，不一定你用boostrap 去建树的。你把显示NJ树的那个界面传一下，看看树形的显示方式
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&【求助】请教用MEGA4做进化树的问题
【求助】请教用MEGA4做进化树的问题
作者 leiqian
不知道有没有用过MEGA4做进化树的虫子。想请教个问题
& && &MEGA4做进化树对序列的多少有没有限制呀，我把我的409条蛋白质序列全部选中，然后用NJ建树，结果显示“No commom sites found for computing distances&.而我随便选取其中一些序列作树时，就可以成功。这是为什么呢？我现在是需要对所有序列建树呀，该怎么办？
& &&&不知道有没有人知道，帮忙解答一下，不胜感激！
[net]http://www.megasoftware.net[/net]
You must identify which taxon has no common sites with others, and then remove them in order to continue your computing. Please follow this procedure to check the number of common sites between taxa:
1. Click Distances|Compute pairwise from the main menu
2. In the Analysis Preference window, select & L: No. of Valid Common Sites& from drop down for the option &Substitutions to Include&
3. Click &compute& button to get a matrix.
The number in the matrix indicates the number of common sites between sequences that are available for analysis. When this number is zero, there are no common sites. To get around this problem, you may want to eliminate some sequences. In addition, the use of the &Pairwise-Deletion& option for handling alignment gaps and missing data may also be employed，
呵呵，多谢了！我试试
请教同样问题，我是把两个片段连接起来建树，也遇到上面的情况，但是这种方式还是解决不了，请问是否还有高招？谢谢
MEGA4做进化树，NCBI
进来学习的~lz提供的网址很有用！
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MEGA4做的进化树中怎么显示bootstrap 值
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肯定是你那里出错了，一定要注意bootstrap 的参数设置，如果你没有看到，不一定你用boostrap 去建树的。你把显示NJ树的那个界面传一下，看看树形的显示方式
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