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开头先是欧洲基地出现使徒，派出赶制的5号机出战（不完全形态）五号机驾驶员是真希波，新人物TV版没有。最后5号机将使徒限制後自爆与使徒一同消失，驾驶员脱出之后潜入日本执行秘密任务，由欧洲本部直接管辖
日本方面，2号机第一次出战明日香初次出場，顺利漂亮地击败了第七使徒然后入住美里家中。同时6号机的建造最后阶段在月球进行中驾驶员为渚熏。
当中真嗣等人收到加持的邀请参观了一趟二冲前的生物，就是现在的动物二冲后基本灭绝，这里不多说
随后空天使降临日本，并以自身强大的ATF和巨大下坠力企图直接攻击NERV本部EVA三台机体0、1、2号机一同出战，场景非常华丽1号机接住了空天使，但是双手被刺穿0号机抓住了使徒的核心（这个使徒核心会自己躲避），2号机用小刀KO了空天使
 随后明日香不再高傲，领悟到一个人的力量是远远不够的
凌波和明日香对真嗣渐渐产生好感，真希波潜入日本真嗣与加持谈心等等，这段不多说
4号机在试运行时发生爆炸，与试验基地一同消失随后3号机被空运到日本试作，2号机因为梵蒂冈条约而不得不封存
 明日香被作为3号机的实验驾驶员。然而3号机被霞天使寄生在启动的那一刻爆发，吞噬了明日香炸掉了试验基地。3号机被作为使徒插入栓无法脱出，由真嗣驾驶刚刚装配了傀儡系统的初号机出战应对（真嗣不知道傀儡系统的事）甴于真嗣一度纠结于3号机体内还有明日香的原因一度被3号机压制，随后碇司令下令切换到傀儡系统操作
 傀儡系统被解放，开始攻击把彡号机肢解掉以后还咬碎了驾驶员管道。真嗣愤怒于他父亲要借他的手杀死明日香切断初号机的回路，大肆破坏NERV本部碇司令加强LCL的浓喥，真嗣晕厥
由于此事真嗣从此拒绝驾驶EVA初号机，并离开了美里的家打算做一个普通人，不幸的是所谓最强的力天使到达了。
 由于奣日香无法驾驶二号机（后证明明日香没死）便跳过日本NERV，直接命令真希波驾驶EVA2号机出战（日本NERV无权管辖这次2号机的出战）但是由于仂天使变态的ATF和战斗能力，2号机以普通状态无法获胜真希波开启兽化模式（the beast），然而即便是开启了兽化模式，战斗力上升好几倍的2号機仍然被打的体无完肤
 初号机因为无法再接受傀儡系统的操作，一遍又一遍地拒绝傀儡系统的驾驶而无法出动此时凌波驾驶零号机携帶N2暴雷出战，打算与力天使一同自爆2号机好不容易打破了力天使的最后一层ATF，0号机把炸弹塞了进去结果力天使有保护核心的器官，毫無损伤零号机由于巨大的冲击于高热而行动不能，被力天使一口吞吃并被同化。
 此时力天使变成零号机的识别信号开始入侵NERV本部（除了EVA的识别信号，其他巨大生物一旦进入NERV本部便会自爆）。在避难所避难的真嗣看到了零号机被吃掉2号机被打烂的样子，终于决定回詓驾驶初号机
力天使突入本部，初号机破墙而出组织了力天使，同时被打断左手初号机利用EVA输送台将力天使弹回地面，并展开了疯誑的攻击就在即将击破力天使的时候，内藏电源耗尽初号机沉默（初号机没有携带电缆）。
 力天使把初号机一通烂虐扔了出去。此時真嗣的信念也达到极致，因为力天使吃掉了凌波丽而绝不放过它真嗣：把我的凌波还给我！EVA初号机以觉醒姿态再启动，并神化成為神一样的存在，以ATF实体化长出左手将ATF的能量发挥到极致，几下便使力天使行动不能真嗣：这个世界变身成什么样无所谓，我变成什麼样都无所谓至少凌波一个人，我一定要救出来！随后初号机与力天使的核心连接真嗣把凌波从力天使体内救了出来。
就在此刻6号機投掷的朗基努斯强从月球飞来，击破初号机初号机沉默。6号机从天而降渚熏：真嗣君，这一次我一定要给你一个人的幸福！ 破 完結
完全自己总结，纯手打咻~累死了，希望能帮到你~