丁勉潜入古墓，挖出南越国用来占卜的圣物九星轮，却无意间触碰了机关，四方火箭飞射，丁勉险些被埋在古洞里。丁瑶感觉今天是自己最倒霉的一天，论文答辩吉凶难测，还不知道能不能顺利过关；出校门就被汽车溅了一身水；还被人一撞，撞丢了一只隐形眼镜.丁瑶郁闷万分，发誓晚上要出去大吃一顿，去去晦气。丁瑶半路回家接到父亲丁博士电话，丁勉还在继续探索南越古国的遗址，但已经派人把九星轮送回了研究所。
丁勉和林风回到研究室，发现研究室一片混乱，九星轮发出异样光彩，丁瑶不知去向。丁勉则望着九星轮发愣，怀疑女儿进入了时光隧道。而三千年前的南越国国王却认定眼前的丁瑶便是已故大祭司仙乐的转世。原来一切都是传说中的定数，预言注定仙乐转世将再次降临人世，丁瑶看过仙乐遗体后更印证了这一说法。荣狄给丁瑶讲叙了过去发生的事情：从盘古开天地讲到她的前世仙乐是如何来到人间又被剔除仙骨的。
魔音接到选择良辰吉日迎娶王后的圣旨大怒，卫辽也恳请哥哥荣狄三思，但荣狄执意要娶丁瑶，将弟弟赶出宫去。听琴潜入王宫告诉丁瑶，如果她不想嫁荣狄，自己可以放她离开，丁瑶求之不得，在听琴的帮助下，她逃出王宫，前往南越古洞。荣狄得知丁瑶逃跑，立即派卫辽去追，卫辽想追上丁瑶就杀了她，断去荣狄的念想。丁瑶半路遇到妖怪，情急之下打碎了镇妖瓶。
问天跑到仙乐的陵前，望着静静沉睡的仙乐潸然泪下。魔音说如今灵珠散落四方，一旦被妖魔寻到，重铸镇妖瓶，那后果不堪设想。丁瑶自告奋勇去寻找灵珠，荣狄坚决不同意，此时问天回到宫殿表示愿意陪同丁瑶寻回十二灵珠。魔音将二人带到神殿，告诉他们：昆仑山脚下有个村落，村里的人世代守护大神女娲的陵墓，那里有镇妖瓶的秘密，建议他们首站去那里。
慕莲醒来见自己全身缠着绷带，她羞愤难当，巫女有个规矩，若被男子看到身体，不是杀了对方就是嫁给对方。无道说他救慕莲，只是因为她是巫女，并无其他。慕莲心中认定无道就是自己未来的丈夫。问天给丁瑶讲起他与仙乐的经历。龙族殿下无道突然出现，问天与无道展开大战，兄弟相搏，问天不敌受伤，丁瑶用仙乐的仙笛帮忙终于保住问天性命，但陵墓钥匙被抢走。
慕莲一路前往南越都城，想寻求女娲右护法腾蛇魔音的帮助，杀时幽冥复仇。路遇逃婚的蜀国公主雨蝶。雨蝶刻意隐瞒身份，慕莲不想与她同行。雨蝶一路惹得不少麻烦，都被及时赶到的慕莲化解。厚遇白水河妖，慕莲出手与河妖打斗，终于在雨蝶的帮助下杀死河妖，才发现原来这个河妖这么厉害，是因为他手里有一颗灵珠。问天与丁瑶一路追到龙族墓穴，兄弟二人又是一场恶战，无道要拿三叉戟，危急中三叉戟却选择了问天.
丁瑶搀扶受伤的问天逃出龙族墓穴，找了一处人家养伤。问天梦到父亲，父亲说这把戟留给问天，希望他用这件兵器好好保护自己和周边的人。有人闯进仙乐的陵寝，盗走仙乐的尸体。卫辽带兵追剿，发现盗墓的不是凡人。荣狄暴跳如雷，下旨要将守墓士兵全部处死，卫辽苦劝，荣狄不听，反将卫辽重则五十金棍。
问天说他有人族血统，所以月圆之夜会失去法力变成人，这个时候是他最脆弱的时候。半夜，寺院突然出现妖精，原来这寺院早就被妖精窃占，杀了全寺的僧人，变化人形专门吃过路借宿的人。丁瑶保护着问天慌不择路，妖精却在后面紧追不舍。危急中，慕莲赶到，杀死妖精救下问天和丁瑶。慕莲给丁瑶讲述了女娲神卷里记载的有关镇妖瓶的一切。
巫山鬼母将仙乐尸体摆在祭台上，做法为她招魂，却发现根本无效，原来白矖魂魄早已再次转世。魔音猜透了鬼母目的，誓要阻止丁瑶再回南越，却迟人一步，丁瑶被鬼母劫走。荣狄带亲随追出都城救丁瑶，卫辽趁机盗出兵符准备夺权。无道身体渐渐复原，雨蝶路遇马贼中刀受伤，被无道救活。魔音一路催马直奔巫山，试图亡羊补牢阻止仙乐复活。
卫辽将镇守四方的几位将军请来，提出要取荣狄而代之，几位将军不肯背叛荣狄，随即中毒而死。胡姬突然赶来，卫辽答应与胡姬合作。鬼母已经逼出丁瑶三魂七魄，眼见魂魄渐渐要被仙乐吸收。问天二人联手对抗鬼母不敌，危急中魔音赶到，但白矖仙乐已经复活。复活后的仙乐并未听从鬼母控制，出手将鬼母杀死。仙乐称问天骗子，要杀死问天，情急之下丁瑶发出一声呐喊，将魂魄招回后也苏醒了。
无道取了龙牙剑，准备去南越都城找问天报仇。魔音回到王宫，叛军纷纷倒戈，卫辽大惊，立即招来胡姬助阵。眼看魔音不敌，问天随后杀到，问天打落胡姬身上的灵珠，胡姬带伤逃走。卫辽战败，被逐出南越。魔音摄政南越，她要听琴速去寻回荣狄，告诉他自己已经为他平灭叛乱，助他重登王位。卫辽逃到荒郊，遇到胡姬，胡姬劝其沦入魔道，夺回一切。
问天三人获准来到南越古洞，丁瑶试着利用九星轮占卜，发现了当年的真相。卫辽由胡姬引着前往幽冥宫拜见时幽冥。时幽冥赐给他妖力，并让他成为魔族的大将军。问天誓杀时幽冥，为仙乐报仇，给自己雪耻。丁瑶决定无论如何自己有责任寻回灵珠，但为了不让父亲着急，她要回去告诉父亲一声。丁瑶回到现在，丁博士大喜，感慨的同时，同意丁瑶再次穿越回去。
慕莲看出了问天对瑶瑶的思念之心，但问天却不愿意承认。沦入魔道的卫辽带领妖孽屠杀自己的同胞，问天和听琴在危难之际被无道相救。为了荣狄，大祭司想杀死仙乐，但被荣狄射了一箭，大祭司伤心欲绝。
紫竹林前，问天决斗无道，眼看抵挡不住，丁瑶便开始吹无忧曲为问天帮忙，雨蝶便马上问九鬼无道是怎么了。九鬼告诉雨蝶，虽然这个丁瑶有心想阻止两人的决斗，但是她的无忧曲会扰乱无道。无道将会有危险。雨蝶怕无道会有危险，也赶忙用树叶吹曲，希望可以帮到无道。哪知丁瑶一着急便对雨蝶发出了攻击。这使无道十分气愤，就出手伤了丁瑶。
卫辽得知荣狄放弃王位，一直追随在仙乐左右，南越国是魔音摄政，他认为机会来了，如果杀了荣狄，自己自然而然就可以做南越王！卫辽找到荣狄，看到昔日的荣狄王现在就像个卑微的山野猎户，他简直不能理解荣狄所做的一切！问天赶到药王谷，却发现自己到晚一步，药王已被胡姬所杀，仙药尽毁！胡姬逃走，丁瑶危在旦夕，问天几乎绝望…危机关头，仙乐突然与荣狄来到药王谷。
问天告诉荣狄，魔音因为他而性情大变，南越现在一片混乱，蜀国趁机攻打南越，荣狄说自己无心为王，他亲笔写了封信给魔音，希望她能原谅自己，南越王位自己拱手相让。魔音将丁瑶藏身处泄露给时幽冥，时幽冥立即派胡姬前来追杀丁瑶，抢夺灵珠。慕莲眼见仙乐、魔音都陷入爱恨纠葛苦不堪言，回想自己，心里更加难过……自己的结拜妹妹如今和自己爱的人在一起，她又该何去和从？
丁瑶因为仙乐和问天大吵一架，丁瑶不辞而别，准备回现代，但由于她的护身符被仙乐拿走，她根本回不去，但大话说出，又不好意思再回南越，于是她哀求听琴，让自己暂时躲在南越古墓。
丁瑶离去，问天乱了阵脚，他四处打探丁瑶下落，魔音告诉问天丁瑶的下落。听琴答应丁瑶帮她瞒住问天，于是她告诉问天丁瑶回属于自己的时代了，问天黯然神伤。
无道出手制住荣狄，仙乐赶来救下荣狄！无道惊讶女娲后裔怎么能做出这么残忍的事？仙乐说女娲后裔也要活着，为了活着，不得不这么做！无道摇头叹息不止，认为她本可以高高在上，世代受万民敬仰，如果没有妄动人间情感，爱上问天，也不会有今天的下场。
魔音将南越政权归还荣狄，荣狄再度登上王位，物是人非，恍然隔世。无道和问天终于杀死蛟龙，无道为保护问天受了伤。无道还替丁瑶寻来化解毒蚕丝的解药，问天心存感激，无道却根本不给他答谢的机会。
荣狄为了纪念仙乐，他恳请丁瑶穿上仙乐的衣服，然后画张画像给自己留念。丁瑶说何必这么麻烦？她有一次性相机，于是丁瑶拍了自己穿古装的照片，给荣狄留做纪念。 荣狄每日里对着照片魂不守舍，魔音气愤万分。
无道在幽冥宫对阵时幽冥，却万没料到，时幽冥法力如此高强，眼见无道被时幽冥的妖气笼罩，雨蝶不顾一切扑到无道身上。众人会战时幽冥，却发现根本伤不了他。时幽冥准备亲自出手将众人一次性解决，这时仙乐赶到，她以仙笛化去时幽冥的不坏金身，问天以三叉戟对付时幽冥，时幽冥化作一阵妖风逃去。
雨蝶和无道同时被时幽冥妖气笼罩，无道有法力护体没有受伤，雨蝶却被妖气伤的奄奄一息。无道带着雨蝶赶到南越，请求仙乐救治雨蝶，仙乐提出一个条件：要问天来求自己。
无道只能去找问天帮忙，问天欣然答应去向仙乐开口，并没有任何条件。问天说，虽然你总是和我为敌，但你毕竟是我哥哥，无道心中十分惊诧。仙乐救治雨蝶，发现她已经毒入骨髓，仙乐说雨蝶中毒太深，自己已经无能为力，惟有神农手卷上才有记载解毒的办法，仙乐封住雨蝶经脉，无道和慕莲立即赶奔蜀山神农庙，丁瑶在南越都城十分尴尬，于是她提出同去！
时幽冥半路截住卫辽，卫辽连说这都是胡姬让他干的，请时幽冥饶他一命！时幽冥把卫辽的心收在自己手里，让他回去监视胡姬，如果他敢在反叛，自己就抓碎他的心，取他性命！
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