MIT3.320材料原子建模(2005年春)；实验2Quantum-Espresso资料:；一个第一性原理代码；我们将用Quantum-Espresso包作为我；开有许多其他的第一性原理代码可以使用，在课程幻灯；http://www.abinit.org密度泛；ABINIT也在GPL下免费；CPMD；http://www.cpmd.org密度泛函理；http
MIT3.320材料原子建模(2005年春)实验2Quantum-Espresso资料:一个第一性原理代码我们将用Quantum-Espresso包作为我们的第一性原理代码.Quantum-Espresso是一个完全的abinitio软件包，可实现电子结构和能量计算,线形响应方法(计算声子色散曲线,介电常数,以及有效波恩电荷)和三次非谐微扰理论。Quantym-Espresso也包括两个分子动力学代码CPMD(从头分子动力学)andFPMD(第一性原理分子动力学)。在这个软件包里,我们用PWSCF进行总的能量的计算。PWSCF在密度泛函理论(DFT)内采用模守恒赝势(PP)以及超软赝势(US-PP)。Quantum-Espresso在GNUGPL条件下是免费的。更多信息(包括在线手册)见网站http://www.quantum-espresso.org或http://www.pwscf.org/.Quantum-Espresso。当前版本为2.1.2，并在积极发展中。开有许多其他的第一性原理代码可以使用，在课程幻灯片里已经列出，包括:ABINIThttp://www.abinit.org密度泛函理论平面波赝势(PP)软件。ABINIT也在GPL下免费。CPMDhttp://www.cpmd.org密度泛函理论平面波赝势软件,从头分子动力学。GPL。SIESTAhttp://www.uam.es/departamentos/ciencias/fismateriac/siesta/局域密度泛函理论.。VASPhttp://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/密度泛函(DFT)超软赝势(US-PP)以及PAW软件。在相同精度下USPP代码比PP代码快并且要复杂。用于学术，价格居中(~$2000)WIEN2khttp://www.wien2k.at/密度泛函(DFT)全势线性放大平面波(FLAPW)。确的，但最慢。用于学术，价格便宜(~$500)FLAPW在密度泛函中是最精第1页MIT3.320材料原子建模(2005年春)Gaussian量子化学软件-包括Hartree-Fock和更高次关联电子方法。用于学术，价格居中(~$3000)。最近向固体延伸。Crystalhttp://www.cse.clrc.ac.uk/cmg/CRYSTALHFandDFT软件。用于学术，价格低(~$500)。下面介绍在Quantum-Espresso中怎么样用PWSCF获得能量值。一些有用的转化：1bohr=1a.u.(原子单位atomicunit)=0.埃。∞)=13.Rydberg(R(R∞1eV=1.-19焦耳(Joules)从athena,登陆到hpcbeo2$sshhpcbeo2.mit.edu然后创建一个目录，储存文件(你需要帮助就问)。如(假设你还没有创建一个叫“3.320”的目录）,$mkdir3.320$cd3.320$mkdirLAB2$cdLAB2$mkdirPROBLEM1现在拷贝我们需要的适当的输入文件和脚本文件$cp~mounet/LAB2/C.scf.in..$cp~mounet/LAB2/C.scf.j~mounet/LAB2/C.scf.j.你也可以拷贝可执行文件(不强制，因为脚本将能在目录~mounet/LAB2/下直接找到它)$cp~mounet/LAB2/pw.x.问题１涉及到第一性原理计算的收敛问题。下面是问题1A和1B一些背景;如果你认为你不需要，跳到“背景摘要”部分。第2页MIT3.320材料原子建模(2005年春)问题1A的背景记住我们用周期边界条件处理无限系统。这意味着我们能利用Bloch定理解Schr?dinger方程。Bloch定理为:其中在这些方程中，是波函数，是在点阵中的周期函数，是所有（至少原理上是的）倒易空间向量求和，是展开系数。在这个案例中，我们的基元函数（即我们展开的函数）是平面波。它们被称为“平面波”是因为等相的表面是和传播方向垂直的平行平面。记住限制平面波扩展到无限，但是是可计算和离散的向量的集合，这些向量是三个原胞向量的整数倍，我们选择与我们正点阵(directlattice)周期边界条件相匹配的平面波。在实际的计算中，我们必须限制平面波在某些点扩展（就是停止取得更多的），这叫做平面波的截断。截断总是取能量单位（如Rydberg或eV），对的动能。应于最高注意：倒易点阵(reciprocallattice)的单位是正点阵的倒数，或1/长度。但是我们能把1/长度转化成能量单位（记住1/长度）。问题1a是为了测试截断收敛问题。你可以设置比需要更高的截断，但计算时间要更长些。以及，是波长，单位是问题1B的背景.第3页MIT3.320材料原子建模(2005年春)由于Bloch定理，我们要在整个Brillouin区域求解类似于Schr?dinger的Kohn-Sham方程（即自洽迭代MxM矩阵的对角化，这里M是基本方程的数量)。实际上，我们在有限个k值上实现它（如：粗粒化的Monkhorst-Pack网格），得到每个k的能量值，如下图示。这个图片流经第一Brillouin区(如果你不知道什么是Brillouin区，就该复习正点阵和倒易点阵）。为了得到晶体的能量值,我们必须在整个第一Brillouin区积分,在第一Brillouin区,能带被占据（并被体积划分）。因此，对有限的k点求和的到积分的近似值，你必须保证有足够的k点得到收敛的能量值。背景摘要对于所有的第一性原理的计算，你必须注意两个收敛问题，第一是能量截断，也就是波函数展开的截断。第二是k点的个数，它意味着离散格子对连续积分的近似度。输入文件第4页MIT3.320材料原子建模(2005年春)我们来看输入文件C.scf.in.,它会被包含在我们以后要用到的脚本(script)中。这是一个金刚石结构的碳的输入文件。金刚石是面心立方结构，在000和0.250.250.25位置有两个碳原子(当然在0.13,0.20,0.22和0.38,0.45,047位置也一样。为什么？）。金刚石看上去是这样的(a是点阵参数)。看看输入文件，你已经拷贝到你的目录下。为了查看这个文件，输入$moreC.scf.in你可以滚动文件，通过输入空格（向下看），b（向前）或者q（退出）。这个文件如下：第5页三亿文库包含各类专业文献、外语学习资料、幼儿教育、小学教育、行业资料、应用写作文书、30MIT 材料模拟 quantum-espresso 介绍等内容。　
　MIT 材料模拟 quantum-e... 20页 免费 什么是“Espresso” 5页 2下载券 ESPRESSO...ESPRESSO 介绍 Espresso 是一种生活 在意大利,Espresso 简直就是当地人的生活...您所在位置： &
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ABINIT-5.8.4软件的Windows版本实战守则
（by H.J.Zhao）
前言 第一性原理计算发表文章的要点
1. 你算的是什么，
2. 你为什么要算这个东西，
3. 你用了怎样的算法，
4. 你算出来了什么，
5. 你怎样解释你算出来的东西，有什么结论。
第一章 ABINIT软件的运行
http://old./user1/11542/archives/.shtml
以BaTiO3为例，需建立输入文件*.in，在abinit网站下载Ba、Ti、O的赝势文件，之后执行abinis程序，依次输入：
2. bto.out
5. bto.temp
6. 把三个赝势文件拖入程序执行框中
运行即可！
Abinit使用篇abinis的输入文件分为三类：定义了所有输入文件名的文件（比如in.files，这个文件就是用来告诉abinit哪些文件是abinit读入参数的文件名，以及输出主要结果的文件的名称），定义了计算的控制参数的文件（比如取名为INP)，赝势的文件。下面举例如何做好输入文件计算金刚石结构的Si的状态方程，由此也得到Si的晶格常数和体弹性模量。大致的步骤是在Si的晶格常数的实验值附近取11个数据点，也就是说取11个晶格常数或体积，然后计算在这些晶格常数下的总能。在计算得到总能后，采用状态方程拟合得到状态方程、平衡态时的体积（或晶格常数）和体弹性模量。本例子中采用的是LDA-HGH赝势。赝势的文件名为：14si.4.hgh。in.files的内容为：#####BeginINP??????????????????? #设置关键词的文件名为INPOUT????????????????? #主要的输出文件为OUT，该文件将被写入计算最重要的结果sii???????????????????? sisi14si.4.hgh?????? #赝势的文件名######ENDINP文件的内容为：# Crystalline cubic Si #ndtset? 11????????????????????????? #说明下面将有11组数据acell: 3*9.8112 ? ? ? ? ? ? ? ??? # 晶格常数a=b=c，将从9.8112.... a.u.开始增加acell+ 3*0.09???????????????? ? ? #晶格常数将以0.09 a.u.的间隔进行增加#Ground state calculation?kptopt?? 1??????????????????????? #在 k点网格取样时根据对称性来取样，并由下面的?????????????????????????????????????? # ngkpt和kptrlatt, 或者nshiftk和shiftk来确定k点的数目?iscf?? 5?????????????????????????? #采用CG方法对能量进行优化，用在基态计算中。########################################################################Definition of the unit cell? rprim? ?????? 0.0? 0.5? 0.5????? #下面三行定义了原胞的基矢，本例子中Si是fcc结构?????? 0.5? 0.0? 0.5??? ?????? 0.5? 0.5? 0.0?? #Definition of the atom typesntypat 1??????????????? #定义原胞中原子的类别的数目，本例子中只有1类原子znucl 14?????????????? #定义原胞中原子的核电荷数#Definition of the atomsnatom 2????????????? #定义原胞中原子的总个数，本例子中有2个原子typat? 2*1??????????? #定义每类原子的个数，本例子中第一类原子有2个xred??????????????????? #下面定义了原胞中原子的坐标?? 0.0? 0.0? 0.0?????? ?? 0.25 0.25 0.25???? #Gives the number of band, explicitely (do not take the default)nband? 16??????? #定义了要计算的能带的数目，最好按这样来设置: ???????????????????????? # nband & 原胞中总的价电子数目/2 + 10#Exch
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求教于塔罗高手！谢谢！（真命天子阵）
战车——正位5：恶魔——逆位3！谢谢！.需要什么样的改变？！！1.真命天子的类型：正义——正位2.真命天子已出现了吗？，请大家给解下牌.将会有困难产生吗：女祭司——正位4！！本人是塔罗新手，所以还不大会解牌
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目前vasp自带的都是 Ultra-soft pseudopotentials和Projector-Augmented-Wave (PAW) 的赝势
那有没有Norm-Conserving Pseudopotentials的赝势呢？有的话是怎么得到的？可以自己制作吗？
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16:49:38fzx2008(金币+2): 谢谢指教
引用回帖:The interaction between ions and electrons is described using ultrasoft Vanderbilt pseudopotentials (US-PP) or the projector augmented wave method (PAW). 从这句上来看，VASP应该就根本不支持NC赝势……
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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ 小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖fzx2008(金币+1): 谢谢指教
17:10:10贺仪: 金币+5, 谢谢指教！
引用回帖:: Originally posted by 贺仪 at
谢谢提示，你知道有没有软件支持NC赝势呢？ CASTEP，Abinit，Siesta和PWscf都支持NC赝势啊……
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注册: 性别: GG专业: 其他无机非金属材料
在rel赝势下的声子谱计算产生矩阵文件*.dyn1时出现*.dyn1.xml文件
在用rel赝势（考虑soc）情况下计算结构的q2r.out文件时候发生错误，file *.dyn1 missing!
正常的ph.out文件会产生dyn1，dyn2等文件。但是在此产生后缀为dyn1.xml文件.求解决方案！多谢~
T2UR%3Q]FBW29NJJ{6~NG~L.png
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