【图文】qRT-PCR_百度文库
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&&介​绍​P​C​R​产​生​与​发​展​,​以​及​几​种​常​用​P​C​R​技​术​,​重​点​介​绍​了​实​时​定​量​P​C​R​的​相​关​知​识
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你可能喜欢Neighbour-Joining(邻接法)构建进化树&&
构建进化树，首先将你的序列格式变为fasta格式。
fasta格式很简单，大于号开头，后接蛋白或基因名字，然后换行，输入sequence信息，然后再换行，大于号开始接另外的蛋白或基因名字。
格式像下面这样：
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
GGGGGGGGGGGGtTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
然后对你的序列进行multiple
alignment，一般采用的为clustalw或者muscle，可以在google中搜索到这两个比对软件。
然后采用邻接法或者UPGMA等算法，根据得到的比对结果构建进化树。
这里主要介绍一下邻接法的原理及过程：
假设我们有这样的一个树，
<img HEIGHT="164" ALT="Neighbour-Joining(邻接法)构建进化树 - zzhong1984 - zzhong1984的博客" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="http://www.icp.be/~opperd/private/images/image21.gif" WIDTH="286" ALIGN="bottom" NATURALSIZEFLAG="3" STYLE="max-width: 100%;"
TITLE="Neighbour-Joining(邻接法)构建进化树&&" />
因为B和D相比较A而言，积累突变的速度更快，UPGMA法就不能用在这里，因为UPGMA将会将会将A和C分为一组，而不是A和B，在这种情况下就要用到邻接法。
原始数据如比对的结果在这里以下面这个简单的距离矩阵代替：
We have in total 6
OTUs (N=6). OTU：Operational Taxonomic Units = neigbours
计算计算每个OTU到其他所有OTU的净分化距离r（i）。
5+4+7+6+8=30
第二步 采用下面公式得到一个新的距离矩阵
M(ij)=d(ij) - [r(i) + r(j)]/(N-2)&
M(AB)=d(AB) -[(r(A) + r(B)]/(N-2) = 5-（30+42）/4=-13.
得到如下矩阵：
现在我们根据原始矩阵构建一个星型树开始：
<img ALT="Neighbour-Joining(邻接法)构建进化树 - zzhong1984 - zzhong1984的博客" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="http://img692.ph.126.net/_Qs2rMHDi7tcgwbG_K1l_A==/3551882.jpg" STYLE="max-width: 100%; margin: 0px 10px 0px 0"
TITLE="Neighbour-Joining(邻接法)构建进化树&&" />
第三步 现在我们选择拥有最小Mij值的OTUs作为neighbour，为AB和DE（-13），然后为AB形成一个新的节点称为U，现在计算内部节点U到外部节点A，B的分枝距离。
S(AU) =d(AB) / 2 + [r(A)-r(B)] / 2(N-2) = 2.5-1.5=1（如何确定U的位置？？？）
S(BU) =d(AB) -S(AU) = 4
第四步 计算U到其他节点的新的距离
d(CU) = d(AC) + d(BC) - d(AB) / 2 = 3
d(DU) = d(AD) + d(BD) - d(AB) / 2 = 6
d(EU) = d(AE) + d(BE) - d(AB) / 2 = 5
d(FU) = d(AF) + d(BF) - d(AB) / 2 = 7
得到如下的矩阵：
然后得到如下的树。
重复step1，记住此时N=N-1=5了。
<img ALT="Neighbour-Joining(邻接法)构建进化树 - zzhong1984 - zzhong1984的博客" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="http://img852.ph.126.net/Wtyde-inMgFoubcpyiDiWQ==/5418291.jpg" STYLE="max-width: 100%; margin: 0px 10px 0px 0"
TITLE="Neighbour-Joining(邻接法)构建进化树&&" />
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