从游戏设定的角度而言，只是因为选取这段历史更有体验感、可玩性更高罢了

如果让你扮演一位大权在握的圣殿骑士/刺客，举目望去没有对手，敌方阵营早就被你打成了菜鸡，请问这个游戏你玩什么？盖房还是种地？

从一无所有一穷二白的小人物一步步历经磨练过关斩将打怪升级搜刮装备最后直面幕后大Boss阻止其毁灭世界的阴谋成为纵横天下的英雄，这是永远也不会过时的人民群众自始至终喜闻乐见的套路

事实上按照游戏时间线，历史上圣殿骑士和刺客始终是互有胜负、此消彼长的，唯一一次差点游戏结束就是公元2000年的大清洗

（许多玩家有一种误解，觉得圣殿骑士就一定代表秩序刺客就一定代表自由，其实是不准确的，刺客也会建立自己的秩序，也会渗透统治阶级，同时圣殿骑士也从来不乏底层成员。光这一点题主就比绝大多数玩家看得清）

至于为什么圣殿骑士每次被刺客挫败后都能东山再起，因为这两个组织都属于意识形态团体，有各自的核心信仰，纵然可以杀光秉持这种思想的人，但无法根绝这种思想，正如《V字仇杀队》中的经典台词：“我代表的是一种思想，而思想是不怕子弹的。”《刺客信条3》中海瑟姆也曾经对康纳表达过类似观点，即圣殿骑士立足于现实、根植于人类的理想和欲望，不是杀掉一任团长就能消灭的。反过来想，刺客不也同理吗？每次刺客都被圣殿骑士打压得凄惨无比，但总是能东山再起甚至更加强大

至于现代圣殿骑士为何如此强大而现代刺客为何如此衰微，建议阅读漫画《刺客信条：锁链》和《刺客信条：陨落》，在《刺客信条3》的电脑邮件和NPC互动台词中也稍有提及——简单介绍就是沃伦·韦迪克发现了一位年幼刺客后裔丹尼尔·克罗斯，在他脑中植入了一个“思想钢印”：见到刺客大导师，杀了他。长大的丹尼尔饱受血缘效应的困扰，因此引起了刺客的注意，被刺客招募。由于“思想钢印”的影响，他迫切渴望见到刺客大导师（他并不清楚这种强烈的渴望从何而来，仿佛潜意识中的本能），因此刻苦训练、遍访世界各地刺客据点，终于打动了刺客大导师，接见了他。就在刺客大导师亲自授予他袖剑的那一瞬间，“思想钢印”被激活，他身不由己地将袖剑刺入刺客大导师的脖子。走投无路的丹尼尔不得不投奔沃伦·韦迪克。因为他大脑中有世界所有刺客据点的信息，圣殿骑士对全球刺客展开大清洗，刺客被打了个措手不及损失惨重，几乎绝迹（熟悉《星球大战》的话可以参考66号指令），这就是为什么现代剧情线圣殿骑士如此强大而刺客如此弱小的由来

为什么掌权的多是圣殿骑士？我个人理解，圣殿骑士的理念和利益更容易与统治集团产生交集，尤其在现代剧情设定中，世界各国政要要么是中立要么是圣殿骑士，几乎没有一个刺客的地盘。但是这并不代表刺客就不会掌握自己的政权，正如题主所提到的，作为意大利刺客领导层的奥迪托雷家族就支持美第奇家族，艾吉欧还是尤尼乌斯二世和苏莱曼王子的私人顾问；法王菲利普四世的宫相纪尧姆·德·诺加雷就是刺客导师，正是他怂恿美男子菲利普查办了圣殿骑士。另外在大清洗前夕，刺客正忙着投入巨资赞助戈尔竞选美国总统，都充分证明刺客并非很多中国玩家误以为的无政府主义团体，他们是有自己的地盘、权力核心和政治代言人的。只不过相对而言，圣殿骑士的理念和诉求导致他们往往更容易和统治集团走得更近，再加上千禧年的大清洗，21世纪的刺客身家性命都难以保全，哪里还有能力渗透政权输出政治影响力。另外，两派在渗透政权方面也有区别，圣殿骑士倾向于安插自己人成为领袖，比如教皇亚历山大六世和教皇军统帅恺撒·波吉亚都是圣殿骑士；海瑟姆力推查尔斯·李出任美利坚合众国第一任元首；古巴总督伍兹·罗杰斯本人就是圣殿骑士；丘吉尔、斯大林、希特勒和小布什也都是圣殿骑士；刺客则更喜欢扶植与自己理念相合利益相关的政客成为领袖而非亲自执掌政权，比如尤尼乌斯二世和苏莱曼王子只是艾吉欧的私交，并非刺客；威尼斯总督马可·巴尔巴尼戈只是为刺客办事，并未加入刺客；华盛顿、列宁、罗斯福和戈尔也都不是刺客

另外还有一点原因至关重要，那就是刺客进入20世纪后开始推行“重文轻武”策略，将更多的精力投入到支持政客、影响选举、制造舆论、通过商业金融手段控制市场、资助科学和文化研究、输出意识形态等方面，认为现代已经不再需要古代那样的暴力刺杀，对于新刺客的战斗训练被大大弱化，袖剑也从兵器沦为礼器，导致20世纪后半叶的刺客组织几乎全是文职人员，战斗人员已寥寥无几。而圣殿骑士恰恰相反，自从开发了阿尼姆斯技术后，阿布斯泰戈工业通过基因记忆回溯手段在短时间内量产了大批掌握刺客战斗方式、熟悉刺客行事作风的精英战士，这就是韦迪克博士的西格玛计划，而这支部队就是日后令刺客闻风丧胆的西格玛小队。在对全球刺客据点发动突袭的战争中，手无缚鸡之力、有些甚至连血都没见过的现代刺客面对接受过专业训练、武装到牙齿的西格玛小队，灭亡的下场早已注定