故事的舞台就是武藤游戏等人曾經活跃过的、几十年后的童野镇在未来的童野镇拥有最新式设备的体育场中，流行的是一种以骑乘最先进的决斗卡片通过赛车的形式進行比赛的「Riding Duel」，故事就是以新主角不动游星展开的…… 　　《游戏王5D’S》以游戏所在时代的数十年后的未来世界为舞台地点在“新童實野町”，讲的是18岁的主角不动游星集结5龙卡的全新故事！ 在「5D'S」的时代十分流行以骑乘型最新决斗盘进行的高速决斗！游星与使用决鬥盘和卡片游戏组合的竞技之王杰克?阿特拉斯进行对决。另外还有一旦战斗就会发挥出超能力的谜般少女十六夜以及仰慕游星的双生子：哥哥龙亚与妹妹龙可，从小就投入到了激战中去他们会为大家带来什么样的精彩战斗场面呢？