主角桐谷和人是使用世界首款完铨潜行游戏“刀剑神域二（Sword Art Online）”的玩家曾经很幸运的参与过封闭测试，并买下正式版的和人正准备体验游戏的第一次正式营运。但在登入后不久和人发现“登出”指令竟然消失，而与此同时自称是SAO游戏设计者“茅场晶彦”的人说：“无法完成攻略就无法离开游戏只囿打倒位于“艾恩葛朗特”顶楼，第100层的头目－达成“完全攻略”才是离开这个世界唯一的方法并且，在游戏内GAME OVER或是尝试脱下NERvGear玩家会竝刻被NERvGear发出的高频率微波破坏脑部而死亡。”唯有接受这个矛盾事实的人才能够存活下去。

自己也被卷入其中的桐人在游戏的舞台——巨大浮游城堡“艾恩葛朗特”里，以不与人组队的独行剑士身份逐渐崭露头角，并获得“黑色剑士”的称号桐人以完全攻略的条件——到达城堡最上层为目标，持续进行严酷且漫长的冒险在这期间他邂逅了女性细剑使——“闪光”亚丝娜，以及公会“血盟骑士团团長”希兹克利夫他的命运也一步步产生了巨大的变化。桐人能否从游戏里全身而退……