结构优化的结果竟然重复不出来，每次优化后的结构都不一样，求高手解答…… - 实验交流 - 生物秀 标题: 结构优化的结果竟然重复不出来，每次优化后的结构都不一样，求高手解答…… 摘要: [结构优化的结果竟然重复不出来，每次优化后的结构都不一样，求高手解答……] 先后使用forcite和DMOL3模块对一个含有长侧链的聚合物进行优化，每次运行结果中的分子结构直接就能看出侧链与主链平面的角度有很大差别……每次优化的参数都是一样的，求高手指点…… 关键词:[构型 模块 聚合物 侧链 高斯 电荷 分子结构]…… 先后使用forcite和DMOL3模块对一个含有长侧链的聚合物进行优化，每次运行结果中的分子结构直接就能看出侧链与主链平面的角度有很大差别……每次优化的参数都是一样的，求高手指点……回复每次的初始构型是相同的吗？回复 每次的初始构型是相同的吗？ 是啊，就是先画出聚合物结构，添加上氢原子之后，点击clean使结构合理，然后依次进行forcite和DMOL3优化回复这二者优化的原理可是不一样的啊，前者是基于分子力学，后者是量子力学，不一样很正常，常理来讲后者的更精确。 不知道你为什么会先后分别用Forcite和DMol来优化，这样的目的何在？回复这二者优化的原理不一样，前者是基于分子力学，是宏观概念，后者是量子力学，是基于电荷，轨道等微观方面来优化的，后者更为准确，但前提是初始构型建的合理。我一般都是在Gassian里面优化好再导入MS。回复不同模块的优化方法不一样，得到的结果当然不一样了。建议使用统一模块进行处理回复 这二者优化的原理不一样，前者是基于分子力学，是宏观概念，后者是量子力学，是基于电荷，轨道等微观方面来优化的，后者更为准确，但前提是初始构型建的合理。我一般都是在Gassian里面优化好再导入MS。 是如何导入的？回复 是如何导入的？... 高斯里面的输出构型存为mol格式就可以导入了，因为MS是可以读取mol的回复 高斯里面的输出构型存为mol格式就可以导入了，因为MS是可以读取mol的... 谢谢了哈！ 相关热词： .......... 生物秀是目前国内最具影响力的生物医药门户网站之一，致力于IT技术和BT的跨界融合以及生物医药领域前沿技术和成功商业模式的传播。为生物医药领域研究人员和企业提供最具价值的行业资讯、专业技术、学术交流平台、会议会展、电子商务和求职招聘等一站式服务。 官方微信号：shengwuxiu 电话：021-查看: 5160|回复: 5 新手跑马灯实验中的一些疑惑。求高手解答。 主题帖子精华 初级会员, 积分 120, 距离下一级还需 80 积分 在线时间0 小时 跑马灯中deley.c怎么理解 #include "delay.h" #include "sys.h" ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// & //如果使用ucos,则包括下面的头文件即可. #if SYSTEM_SUPPORT_UCOS #include "includes.h"&&&&&//ucos 使用&& //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////& //本程序只供学习使用，未经作者许可，不得用于其它任何用途 //ALIENTEK STM32开发板 //使用SysTick的普通计数模式对延迟进行管理 //包括delay_us,delay_ms //正点原子@ALIENTEK //技术论坛:www.openedv.com //修改日期: //版本：V1.5 //版权所有，盗版必究。 //Copyright(C) 广州市星翼电子科技有限公司 //All rights reserved //******************************************************************************** //V1.2修改说明 //修正了中断中调用出现死循环的错误 //防止延时不准确,采用do while结构! //V1.3修改说明 //增加了对UCOSII延时的支持. //如果使用ucosII,delay_init会自动设置SYSTICK的值,使之与ucos的TICKS_PER_SEC对应. //delay_ms和delay_us也进行了针对ucos的改造. //delay_us可以在ucos下使用,而且准确度很高,更重要的是没有占用额外的定时器. //delay_ms在ucos下,可以当成OSTimeDly来用,在未启动ucos时,它采用delay_us实现,从而准确延时 //可以用来初始化外设,在启动了ucos之后delay_ms根据延时的长短,选择OSTimeDly实现或者delay_us实现. //V1.4修改说明 //修改了使用ucos,但是ucos未启动的时候,delay_ms中中断无法响应的bug. //V1.5修改说明 //在delay_us加入ucos上锁，防止由于ucos打断delay_us的执行，可能导致的延时不准。 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// & static u8& fac_us=0;//us延时倍乘数&&&&& static u16 fac_ms=0;//ms延时倍乘数,在ucos下,代表每个节拍的ms数 #ifdef OS_CRITICAL_METHOD &//如果OS_CRITICAL_METHOD定义了,说明使用ucosII了. //systick中断服务函数,使用ucos时用到 void SysTick_Handler(void) &OSIntEnter();&&//进入中断 &&& OSTimeTick();&&&&&& //调用ucos的时钟服务程序&&&&&&&&&&&&&& &&& OSIntExit();&&&&&&& //触发任务切换软中断 //初始化延迟函数 //当使用ucos的时候,此函数会初始化ucos的时钟节拍 //SYSTICK的时钟固定为HCLK时钟的1/8 //SYSCLK:系统时钟 void delay_init(u8 SYSCLK) #ifdef OS_CRITICAL_METHOD &//如果OS_CRITICAL_METHOD定义了,说明使用ucosII了. &&SysTick-&CTRL&=~(1&&2);&//SYSTICK使用外部时钟源& &fac_us=SYSCLK/8;&&//不论是否使用ucos,fac_us都需要使用 #ifdef OS_CRITICAL_METHOD &//如果OS_CRITICAL_METHOD定义了,说明使用ucosII了. &reload=SYSCLK/8;&&//每秒钟的计数次数 单位为K&&& &reload*=1000000/OS_TICKS_PER_SEC;//根据OS_TICKS_PER_SEC设定溢出时间 &&&&&&&//reload为24位寄存器,最大值:,在72M下,约合1.86s左右& &fac_ms=1000/OS_TICKS_PER_SEC;//代表ucos可以延时的最少单位&&& &SysTick-&CTRL|=1&&1;&& &//开启SYSTICK中断 &SysTick-&LOAD= &//每1/OS_TICKS_PER_SEC秒中断一次& &SysTick-&CTRL|=1&&0;&& &//开启SYSTICK&&& &fac_ms=(u16)fac_us*1000;//非ucos下,代表每个ms需要的systick时钟数&& }&&&&&&&&&&& #ifdef OS_CRITICAL_METHOD &//如果OS_CRITICAL_METHOD定义了,说明使用ucosII了. //nus为要延时的us数.&&&&& &&&&&&&&&& void delay_us(u32 nus) &u32 told,tnow,tcnt=0; &u32 reload=SysTick-&LOAD;&//LOAD的值&&&& & &ticks=nus*fac_ &&&//需要的节拍数&& && &OSSchedLock();&&&&//阻止ucos调度，防止打断us延时 &told=SysTick-&VAL;&&&&&&& &//刚进入时的计数器值 &&tnow=SysTick-&VAL;& &&if(tnow!=told) &&&if(tnow&told)tcnt+=told-//这里注意一下SYSTICK是一个递减的计数器就可以了. &&&else tcnt+=reload-tnow+&&&& &&&if(tcnt&=ticks)//时间超过/等于要延迟的时间,则退出. &OSSchedUnlock();&&&//开启ucos调度 &&&&&&&&&&&& //nms:要延时的ms数 void delay_ms(u16 nms) &if(OSRunning==TRUE)//如果os已经在跑了&&&& &&if(nms&=fac_ms)//延时的时间大于ucos的最少时间周期 && &&&OSTimeDly(nms/fac_ms);//ucos延时 &&nms%=fac_&&&//ucos已经无法提供这么小的延时了,采用普通方式延时&&& &delay_us((u32)(nms*1000));&//普通方式延时 #else//不用ucos时 //nus为要延时的us数.&&&&& &&&&&&&&&& void delay_us(u32 nus) &u32&&&& & &SysTick-&LOAD=nus*fac_ //时间加载&& && &SysTick-&VAL=0x00;&&&&&&& //清空计数器 &SysTick-&CTRL=0x01 ;&&&&& //开始倒数 & &&temp=SysTick-&CTRL; &while((temp&0x01)&&!(temp&(1&&16)));//等待时间到达&& &SysTick-&CTRL=0x00;&&&&&& //关闭计数器 &SysTick-&VAL =0X00;&&&&&& //清空计数器& //注意nms的范围 //SysTick-&LOAD为24位寄存器,所以,最大延时为: //nms&=0xffffff*8*1000/SYSCLK //SYSCLK单位为Hz,nms单位为ms //对72M条件下,nms&=1864 void delay_ms(u16 nms) &SysTick-&LOAD=(u32)nms*fac_//时间加载(SysTick-&LOAD为24bit) &SysTick-&VAL =0x00;&&&&&&&&&& //清空计数器 &SysTick-&CTRL=0x01 ;&&&&&&&&& //开始倒数& &&temp=SysTick-&CTRL; &while((temp&0x01)&&!(temp&(1&&16)));//等待时间到达&& &SysTick-&CTRL=0x00;&&&&&& //关闭计数器 &SysTick-&VAL =0X00;&&&&&& //清空计数器&& &&&& Just Dance! 主题帖子精华 新手入门, 积分 34, 距离下一级还需 -14 积分 在线时间0 小时 里面定义了很多延时的功能函数,可以在编写代码的时候调用 主题帖子精华 初级会员, 积分 120, 距离下一级还需 80 积分 在线时间0 小时 回复【2楼】lanchaohuan: --------------------------------- 那这些都是通用的吗？还是每次新编一个程序都要自己重新写？ Just Dance! 主题帖子精华 金牌会员, 积分 1710, 距离下一级还需 1290 积分 在线时间216 小时 这是用的systick,当然是通用的。配置好就行。 态度决定一切 四人行 主题帖子精华 在线时间32 小时 回复【4楼】冰封嗜魔: --------------------------------- 正解 我是开源电子网?网站管理员，对网站有任何问题，请与我联系! 主题帖子精华 初级会员, 积分 120, 距离下一级还需 80 积分 在线时间0 小时 回复【4楼】冰封嗜魔: --------------------------------- 恩恩&谢谢 Just Dance! Powered by1:大脚和平跑哪个有意思？2:可以另外配麽？还有什么是伺服器，如果另外配遥控器要怎么才能那车听遥控器指令？3:买二手的车子会不会很差劲？就这样了，谢谢 全部答案（共1个回答） 等都连着接收器，接收器获得遥控的指令，来完成！控！制。