小智为了参加神奇宝贝彩幽大会努力挑战道馆，丰缘联盟结束后则动身挑战故乡关都地区新设的对战开拓区。而小遥则以成为协调训练家努力挑战各地的华丽大赛。故事中的反面角色由火箭队二人组增加到火岩队和水舰队相比略带搞笑色彩的火箭队，火岩队和水舰队则显得更加“专业”小智等囚与其对抗，并见证超古代神奇宝贝力量的经历也成为了故事的另外一条线索

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