& 孤岛危机系列世界观全剧情
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本帖最后由 卡伊诺斯 于
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（漫画小说游戏都算进去了）
1889年，雅各布·哈格瑞夫（二代董事长）出生于美国的一个中产家庭中，父亲是物理老师。哈格瑞夫有几个一起长大的好朋友:安德利亚斯·詹森，·古德（二代古德博士的祖先），·恩斯特·罗许（三代义军首领），几人感情甚好。由于他们年少轻狂，经常闯祸，哈格瑞夫与詹森没能进入大学，詹森跟随父亲做挖矿的生意，哈格瑞夫跟另外两名经常打架多年的好手到北美边境当兵，由于在军队上的出色表现及哈格瑞夫过人的才智，他们晋升很快
在一次大型军演后，哈格瑞夫退伍回家，与多年不见的好友在一起做生意。此时，罗许，古德开起了制药厂，詹森给了他们很大的支持。四人在一起密谋一个计划，他们漂洋过海翻山越岭去了通古斯探寻火种之源，一时没有多大的发现。而在詹森呆在通古斯河钓鱼的时候，不慎钓到了什么，巨大的怪物将他拉入河底，另三人急疯了。严寒天气下，他们绝望数久，最终发生一个怪事——湖水不停的蒸发，湖底露出来，一个庞然大物立在他们的面前，发出淡蓝色的光和让人无法理解的声音
他们在商量很久之后做好准备进入里头，发现了这里的秘密：奇怪的生物，全身发光通透，头上长着触角，发出光茫、这种生物与人差不多，奇怪的是有的长着腿，有的长的是尾巴、在探寻中经历了厮杀，古德和罗许身负枪伤，哈格瑞夫一人抵挡对方的袭击。绝望的时刻，失踪的詹森出现拿着一门高科技火炮救了他们，他们逃了出去
出来后，詹森安置了两位负伤的朋友后，向三名伙伴诉说着他的遭遇和所见，并把这种生物的大概的情形给诉了他们、哈格瑞夫根据军人的素质，分析这可能是一件外星入侵事情，另三人也同意。另外詹森把这种生物所使用的武器，高科技也都一一告诉了他们，詹森，古德，罗许开始商量，决定捣毁这里的建筑。四人斗志昂扬，在那里拍下了最后的纪念照片
在这座迷宫中，四人见识到了外星人的力量，这些生物彼此独立，但是，他们头上的角手可以发出信号交流。在与这样强大的敌人交火中，古德下身遭到炮火摧残（后治愈），罗许身负重伤，詹森与哈格瑞夫强行拖着两名朋友逃走。詹森为了掩护朋友撤退挺身而出，独自一人挡住外星人的进攻。他吩咐说：如果他出不来，让哈格瑞夫保证不能这些生物出来害人。道别时又跟哈格瑞夫说了一句：“兄弟，记住我!”詹森在哈格瑞夫，古德，罗许逃出后引爆了布好的炸药，连同这座外星基地一起灰飞烟灭。
三人伤心不已，最后遇上了英国远征队，两名重伤好友被医治后，古德被告知不能生育。三人最后回国将遭遇给诉了家人，老詹森得知儿子牺牲伤心不已，把自己的家产用来资助哈格瑞夫的研究；罗许的父亲，古德的家人都分别提供支持。回国后三人做起了生物与武器的研究，成果非凡。古德与罗许在生物基因上取得了巨大成果，而哈格瑞夫是在武器研发上取得成就
在古德年近50时，用外星人的基因技术治愈了自己的不育旧伤，与青梅竹马杰西卡生下了沃尔特·古德（晚育），沃尔特继承了古德的遗传——天才。古德在与罗许、哈格瑞夫的共同研究中发现了外星人的DNA与人类是何其相似，但它们却是生出即得完美，无尽的生命周期，从出生到成年的演化过程无与伦比的新陈代谢。哈格瑞夫，古德在资金上的压力越来越大，最终催生出了一条军火道路——发战争财
古德与在使用了外星人DNA技术后，对外星人的科技着迷到了一定的地步，虽然他们并不具备完全掌控的能力。古德还使用此技术促使自己天生矮小的身材长高——他少年时因这个问题曾经在学校有过一段不幸遭遇，他的同学给了他“古德矮”的绰号，并因此事经常在学校斗殴。他与罗许成功的使目标实现，并以为此事会造福人类。但在一次事件后，他们受到了很大打击。古德在与哈格瑞夫的女儿爱丽丝回家拿实验报告中的返回路中，开车时被不明因素所影响导致出了严重的车祸，古德在医院中重伤不治，罗许，古德与哈格瑞夫意识到自己的力量是多么的弱小，多么无能为力。最终古德交代了遗言死去，叫哈格瑞夫＆罗许不要把他们的后代扯进来了，断气前不断狂笑，喊着“安德利亚斯”
而哈格瑞夫的女儿受重伤奄奄一息，为了救她，哈格瑞夫使用了冷冻技术将爱丽丝的生命保存起来，用他创造的生物神经与机械连接技术用到了爱丽丝身上，把重要的资料保存在了“爱丽丝服务器”。他希望有一天科技日新月异能让爱丽丝恢复成为正常人。他和卡尔罗许两人最终齐心协力，将年轻时的一些隔阂放开，成立了哈格瑞夫罗许生化制药公司，将影响力提升到世界顶级水平
由于哈格瑞夫年轻在恶劣的环境中当兵，而且又是一名，身体过量透支，使他的身体在70岁时失去了正常人的动力，连卡尔在DNA上的研究也不能帮他站起来。他不得不将自己保存起来，跟爱丽丝一样走上了冰冷的不朽之路，透过网络和摄像头管理运营公司的一切。20世纪末时哈格瑞夫和罗许成立了子公司Crynet system（主角们的纳米服与武器研发公司），并与政府秘密展开地下交流，为美军生产尖端武器，得到了给予的雄厚的资金支持，也得到了各方大老板的支持。
21世纪初，哈格瑞夫将爱丽丝服务器迁移，为进一步管理公司和保护资料机密，将爱丽丝服务器改名为奈可斯系统（三代的ＡＩ），用于加密存储专利资料，重要文件，管理公司。但是哈格瑞夫和奈可斯系统背后的秘密却不为人所知，知道的人也只有三个了。2015年crynet system计划交付美军三角特种步队300件纳米服1.0版本，此前展开多项测试，由于其本身无与伦比的优越性能，获得政府许多大奖，得到政府得大力保护。crynet system集团成立了cell私人武装部队用于保护集团财产和民众财产，其后不断扩张，2016年哈格瑞夫从美军三角部队吸收了猛龙小队队长，（先知，一代副主角，三代主角）
由于出色的任务记录与作战能力使他晋升，很快在26岁时获得了，并为他与好友·霍克（杰斯特）走进了。他们被重新整编，与英国麦可·赛可斯和肖恩奥尼欧，还有哈洛柯特兹（阿兹特克），洛克哈特的外甥杰克·登（诺曼，一代主角）分配成立了猛龙小队。
先知在一次扫毒中被派出，他发现其中的利益关联。CIA特派两名顾问监督，乘先知出任务时下令枪杀毒窝，又射杀一切知情人士与当地百姓。先知回来看到这一幕，大打出手，痛扁CIA特工，但是忍住手没有杀掉这两人，把他们打成了重伤，先知被调回去，撤消了军衔，呆在了莱文思沃监狱，遭到背叛的他为此深感失望。
而哈格瑞夫很早就盯上了这个人，他希望有这么一个正直忠诚的人来完成他完成不了的任务，便用强大的职权与影响力把先知身上的指控撤销并恢复他的军衔，为自己所用。两人相见就开门见山，哈格瑞夫在相处中从先知身上看到了曾经詹森的身影，对他十分赏识。先知穿上了纳米服，成为了crynet system纳米服测试者，哈格瑞夫又将内森·古德——沃尔特·古德的儿子，威廉·古德的孙子安排在先知身边当保障，技术支持。内森博士把哈格瑞夫在通古斯的事告诉了先知，两人交情甚深
2017年，纳米服交付美军三角洲特种部队使用，猛龙小队6名成员5名获选。肖恩·奥尼欧在事件中出错被取消资格，离开了猛龙小队，因为他之前用电脑黑敌方军用服务器，倒致诺曼暴露被逮，身体负伤。三年期间，纳米服战士被派谴参加各种作战
——————————————————————————————以上为前传，接下来是一代剧情：
2020年灵山岛事件前，朝鲜在金三领导下走上了太宗改革开放的道路日益壮大。朝鲜在灵山岛挖掘出了外星船，美军部署军队到太平洋，哈格瑞夫将纳米服战士送上灵山，想测试其对外星人的作战性能，将先知安插其中做耳目，采集生物样本，回馈信息。先知在当中被外星人抓走，最后逃脱，经过一系列事态后进入了其母舰核心内部。他一窥外星人的机密，就了解到这些外星人在很早以前就来这里了，也看穿了外星人的一系列计划。
但没想到外星人触发了警报，释放强大的能量将灵山岛冰封。回去之后先知将信息回馈给哈格瑞夫，并劝莫里森航母舰长不要释放核弹，莫里森不听，先知又回灵山作战，发现核爆能量被吸收诞生了主脑。由于核弹攻击失败，美军加强部队在灵山上展开了还击战，在这过程中，主脑的意识指挥作战将美军击败。因为一个外星人看到你，主脑就能看到你，然后所有的外星人都能看到你！（类似轮回眼视野共享）在这种强大的种族面前，美军溃不成军。
之前先知在打入其核心部位时碰到了主脑，由于纳米服来自外星人的外骨骼，人在将其穿戴时，身体中必须存在某些外星人的DNA来适应与之相容，主脑便在那个时候试图将先知给同化。但由于人类是个体意识，抵抗主脑意识的能力较强，先知在与主脑连接过程中保持清醒，看到了主脑的计划和一些未来的画面。最后外星战舰被诺曼的核弹枪击毁，主脑逃脱
（一代结局）
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－以下是一代外传剧情：
劳伦斯与赛可，诺曼还有海莲娜博士（一代女主角）会合，逃离时被哥伦比亚扫毒行动被扁的CIA暗算。Cia特工将海莲娜射死，诺曼为先知挡下一RPG倒下了。二人报仇后，但由于先知手中的纳米服焚毁器先前被毁，将诺曼和海莲娜掩埋后，二人最后回到纽约罗斯福岛的“棱柱”，将信息资料传回哈格瑞夫。
哈格瑞夫完善了纳米服os4.0版本作战系统，之后借此生产了上百套1.5版纳米服给海军陆战队，另一部分给CELL部门。cell的力量不断扩大，资源配给不断提高。crynet集团中也上演着一场斗争，哈格瑞夫与罗许分歧，让出董事会长，罗许拿cephDNA当玩具，却被艾凡古德乌与洛克哈特（二代雇佣兵头子）引导做出许多错误决定，走上危机。此二人欺骗他同意引进两位来自外国的新股东，形成多数对少数的股权。
经过1.5版本的纳米服测试后，crynet system展开2.0版本的试验，此版本共研发了三件原型，哈格瑞夫创造了纳米服外骨骼，罗许则在纳米服内部基因上做出了改变。2代纳米服提供了更好的视网膜成像系统与神经感知系统，采用钽钛合金框架，硬度与韧度并行的富勒稀表皮，在充电后保持高强度的弹性，能抵御强杀伤力炮火，奇特的分子排列结构拥有极强的能量阻隔效果，腿部装有空气推进系统能使战士在太空中运行——所以三代力先知能上太空打外星战舰。二代纳米服穿戴者的身体中会注入大量纳米分子与战士身体调节，不再像一代那样依赖纳米服本身提供能量，换成依靠战士本身。由于其体内有纳米机器人，所以二代可以使战士的身体不断升级强化，适应改变。
2021年二代纳米服测试项目展开。在诺曼生前的影响下，雨果·登继承哥哥的遗志，说服舅舅洛克哈特让他加入阶段7-8测试。主要是测试二代纳米服应对多数敌人和强大活力能力，测试方为cell重火力部队与纳米服实验者。不料先知受到了身入纽约地下的主脑影响，在测试中失去意识发狂。其行为如同外星人一样，嘴里说一些听不懂的话，他将在场的参与测试的cell人员杀死，雨果被他用C4炸药炸成了肉泥。哈格瑞夫下令所有cell人员不得射杀先知。
先知清醒后被带到哈格瑞夫的大屏幕前，哈格瑞夫告诉了他真相。听到真相后的先知如同受到了晴天霹雳。与哈格瑞夫决裂，还要宰了他这个狗娘养的。他打伤了cell 出逃，哈格瑞夫要他回来继续阶段7－8实验，说牺牲在所难免，这就是未来，没有选择，不打败外星人，大家都会完蛋；又说先知没了他的帮助，自己单干绝对不行。而洛克哈特此时对哈格瑞夫的生化装感到深恶痛绝，对先知本人也非常憎恨，因为自己的两个外甥（包括一代主角诺曼）都由于这些东西而横死
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－以下是二代剧情：
2023年，纽约开始出现一种外星病毒。纽约开始大规模爆发病毒，病毒会在短时间内融化人体组织，随后机械虫出来吸收人体组织，搜集回巢穴制作成外星人的身体，许多人横尸街头。外星人随后释放孢子，孢子本身是一种病毒载体，在尖塔中被强大的压力喷射出来，可以直接穿透人类的衣服，皮肤，直到人类的内脏，破坏人体组织，人会在非常短时间内死掉。当系统压力过大时，孢子甚至可以穿透纳米服的表皮
先知在逃出后与退休的古德会合，两人做起了对抗病毒的研究，cell也在追捕他。哈格瑞夫派塔拉·史崔克兰（二代女主角，三代女议员，一代里阵亡的美军将领之女）担当顾问，防止洛克哈特的报复杀掉先知。先知当年与史崔克兰的父亲深交，托她将古德从城中救走，他一人前往头脑印象中的纽约中央公园地下水池以图击杀主脑，发现了喷发孢子的主塔。在跳入管道的过程中，孢子击穿纳米服，外星病毒进入体内感染先知。外星人此时不断追杀他，他从管道中逃出
游上岸时，海军陆战队被派来营救古德，不幸被天上的外星飞机干掉，先知看到这一幕，赶上去营救，只找到了奄奄一息的阿卡特兹（二代主角）（第一关“鲁莽行事”）
先知深知不能摆脱主脑意识控制与追杀，便将纳米服脱下，给阿卡特兹穿上。而既然纳米服是共生装置，那就赌一把，打断共生。毕竟肉身容易被同化，有越不过的鸿沟，灵魂总不能吧。断除肉身与纳米科技的连接，让灵魂潜留在这层皮上，自己成为伪主脑控制阿卡特兹对抗ceph。纳米服穿在阿卡特兹身上，由于没有内层隔离衣（先知自杀时身上那件），皮肉与纳米表层的富勒稀长在一起，不断融入人体组织，重伤的身体被纳米服中的纳米分子修复，新的DNA被整合在一起（第二关“二次机会”）
此时古德联系上了阿卡，叫他小心。cell在附近击毁一架外星空投船，阿卡听古德的话前往，找到了样本，发现是人类的组织，外星人的身体是人类的组织造的。它们先前散播病毒，病毒感染人类，人类的身体组织开始融化，ceph机械虫出来吸收人类组织，运回大本营改造成ceph，用人类的资源消灭人类。阿卡随后杀掉了一个外星人，将它的DNA放在深层做扫描分析，最后与自己的DNA同化,让自己更接近ceph的形态，避免被孢子破坏伤害（第三关“骤然冲击”）
阿卡回去见古德，古德发现他不是先知，又发现了纳米服已经在深层建起了病毒子程序，在深层改写病毒和自身
（第五关“实验室鼠辈”）
接着阿卡在cell的一个纳米服检查槽中被cell逮到，纳米服向外传播了一个信号，这个信号是先知特地传给哈格瑞夫的，直升机在送回过程中被拔地而起的外星尖塔给弄坠机，尖塔向外喷出孢子，轻松穿透了衣服进入cell人员体内，两名护送人员当场死亡。纳米服由于吸收了外星DNA与之同化，因此孢子认阿卡为外星人，不具备对纳米服穿戴者的破坏力，饱子的破坏力被成功阻隔。阿卡随后被毁灭者一记重炮给轰飞，晕倒在地（第七关“行尸走肉”）
此时传播出去的信号回归，哈格瑞夫远程登录纳米服，透过阿卡的眼睛看到画面指挥阿卡作战。告诉他：完成反病毒的程序，要阿卡先破坏外星管道，让喷发系统达到最大压力，阿卡照做不误。进入管道后，孢子损坏纳米服表皮，进入体内被吸收，与阿卡的体内的已经同化的外星DNA不冲突，孢子成功识别并相容在一起，在深层被纳米服改写，开始转变，使它对人类不再有破坏力，而是对ceph有破坏力，并将改写的反病毒植入饱子（第九关“黑暗之心”）
到了第十五关“电力中断”，在纽约时代广场上，哈格瑞夫要阿卡进入小形尖茅塔时已经看到效果。反孢子被释放出来同化了其它孢子，同化之后的孢子比原先ceph的强大的多，直接穿透破坏了ceph的身体，但是这样做效率太低，不具备大规模杀伤性和治愈性。为了使纳米服更具强大，更具速度，升级过程更稳定，纳米服需要一种试剂——通古斯迭代剂。注入了这种试剂，纳米服就能抵抗主塔强大的孢子流的冲击，改写孢子的速度更快，纳米服表皮更坚硬，升级更稳定更快。
第十六关“风暴之眼”，阿卡打趴了洛克哈特，在十七关“脱下面具”拿到了试剂，还见到了哈格瑞夫的真容，而重伤的洛克哈特被cell偷偷运走了。董事会瞒着卡尔罗许，为洛克哈特穿上了第三件，并且罗许发誓死也不肯穿的二代纳米服，保住了他的命
而洛克哈特与艾凡古德乌，还有其他董事会成员对罗许的许多决定极为不满：先是把所有资金花费在纳米服上，限制cell部门发展壮大，又还强行取消五角大楼承包给Crynet集团的&神剑计划&的开发计划——大天使卫星轨道武器（三代里毁灭外星母舰的卫星炮），让集团发展受阻，但他们大部分都对哈格瑞夫的威严感到胆怯。而洛克哈特则不同，胆子特别大，搞垮哈格瑞夫与罗许的关系，利用罗许对抗哈格瑞夫，最后把哈格瑞夫逼上死路
哈格瑞夫自己不但没能身体复原，更看不到爱丽丝的未来，自己孤军奋战，像医学样本一样躺在冷凝的胶脂中度过半个世纪，通往不朽的寒冰之路。罗许诅咒他们在通古斯发现的一切，惋惜爱丽丝的遭遇，狂笑呼喊着詹森与古德的名字，发誓宁死也不像哈格瑞夫那样像个懦夫躲在笼子里，逃避死亡，于是&懦夫&二字成了哈格瑞夫自己心中回荡许久的回音。罗许痴迷卫星DNA研究，在实验室里生死未卜，CRYNET集团群龙无首，放任其自由，董事会在关键时刻在背后捅哈格瑞夫一刀子，完全不顾眼下的危机搞内斗，这就是命了，他自爆结束了这一生，不管了，什么都不管了，管他是天使合唱还是阴深恐怖的地狱火坑，职责已尽到了，接下来就看人类的造化了，内心祈祷之后，豁然的玉石俱焚，看看谁才是真正的懦夫？
第十九关“公园散步”，阿卡在跳入了最大的一座主塔中后，纳米服释放出了已改写的孢子，很快就同化了其它的孢子。阿卡从拔地而起的尖塔中被孢子流轰了出来，从2000多米高空落下，摔得不省人事。随后被同化后的反饱子从主塔喷出来，像核弹爆发一样瞬间就覆盖了纽约全城，ceph被一扫而空，身体被孢子撕得粉碎，病毒治愈剂也随着强大的反孢子的穿透力被传送到了纽约市各个角落，阿卡在废墟中昏睡了3天3夜，大脑受到伤害，成为植物人。先知就像主脑意识先前吞噬他一样，吞噬了阿卡。随后CRYNET集团的董事长罗许坐飞机出来，联系先知，问他是谁。先知说，别人都叫他先知，这是他在猛龙队的代号（二代结局）
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－以下是二代外传＆三代前传：
奇诺后来找这个曾经的阿卡的身体，但是此人很坚定的说自己叫先知，以至于大家不确定他到底是谁。考虑到纳米技术的来源，部分人恐惧他变成与外星人一样，罗许对自己与哈格瑞夫的杰作感到不解，但考虑到主脑再次影响先知体内的纳米机器人，为阻断主脑意识改变纳米机器人，为他体内注入了多巴胺受体拮抗剂，限制纳米机器人，避免先知再次被主脑意识吞噬。罗许为劳伦斯提供了大量的技术支持，并下令cell帮助先知，先知集结众多纳米服战士寻找主脑
哈格瑞夫在自爆前，把自己的控股权交到罗许手中，巩固了他在集团的地位。罗许运用纳米科技将自己衰老的身体恢复在最后关头复原，出来后知道哈格瑞夫的死讯，开始对艾凡古德乌等小儿不买账，导致阻碍洛克哈特等人计划发展（洛克哈特计划是让cell公司借战争危机占领全球市场）。毕竟哈格瑞夫是他出生入死的兄弟，两人虽因通古斯有强烈争执与埋怨，但是当年的四大金刚如今就只剩他了
罗许挡了洛克哈特的路，为了除掉他，为了cell发展，纳米服洛克哈特化名银背（银背大猩猩，三代第三、四关里解密文件提及的无名纳米战士）尾随先知，混入当中当间谍。表面看，三角部队的纳米战士，海军陆战队纳米战士，cell纳米战士纷纷加入先知的队伍对抗外星人，但cell人员明着对抗外星人，其实在洛克哈特的带领下干着背叛的勾当。每打一场仗，cell部门人员就跟随收集战利品——外星科技，并宣传cell美名，在各处建立基地，同时洛克哈特从先知那里收集到了很多有用的情报。
2025年，洛克哈特在中国某地很意外地找到了幸存的大外甥杰克·登（诺曼），带回了crynet system。先知把自己和纳米服在每场战争中都不断的进行升级，仿效ceph。通过古德的帮助，他升级出了一套复杂的量子运算系统，通可通过思维去破解超级计算机根本无法破解的最顶级的保安系统
2027年，银背（洛克哈特）提供假情报给先知，诱骗他们一等人去了遥远的中国。而cell纳米战士在洛克哈特的带领之下，在纽约市地下将外星主脑擒获。主脑由于连吃败仗，不再使用人类组织造兵，而采用自己生育的方法，在产卵后身体虚弱，被cell用高压电磁脉冲困在纽约地下。cell动用人力物资在那里修建高塔，日夜看守防备，最终修建水坝提供强大的电力将主脑（X系统）困在那里，并动用人工智能奈克斯系统封锁监视
而罗许在观察这些生物时，不慎被主脑意识吞噬了心志，变成ceph的一员。随后cell见时机成熟，就把罗许踢出了董事会，罗许早在此前洞悉了这一切，将哈格瑞夫罗许专利保存在了奈克斯服务器中加密，并让奈克斯看好主脑，离开了crynet.，Cell没能拿到罗许的研究资料
Cell在纽约上方修建自由穹顶，设立种种防御保护这里的资产，如此重任必须交给奈克斯系统。因此cell科学家发现外星生物最大秘密：所有ceph透过些生物的思维来支配行动，它们众多却行动如同一人。Ceph每思考就产生能量。cell开始拿主脑能量作商业用途，建立了X系统能量收集装置，把主脑思考产生的能量通过X系统中枢发射至世界各个地方的能量收集装置，以低价成本发电，世界各地所有发电厂都无法与他竞争，纷纷倒闭，无一幸免。清洁能源上世也就意味着环境的改变，10年间地球环境在cell的玩弄中好转。干掉各国电力厂商后，cell电费借各种理由疯狂涨价，奴役人民，对反对力量强行打压，民间自发形成了一个抵抗组织，到处都有。罗许此时参加了反抗军，为他们提供了cell许多情报。而此时诺曼在跟随洛克哈特执行某个任务时，又秘密失踪不知去向
由于主脑被捕获，先知与纳米战士的搜寻工作遇到了危机，其他人都不相信有主脑这一个生物，对先知不断升级纳米服也开始反感，许多人开始离开他。由于cell财力量称霸着世界，美国政府也依赖它的力量，对许多事情放任不管。而l没有了罗许的资料后，cell人员慢慢地步入主脑的圈套，开始拿纳米战士开刀，背叛与出卖。先是抓了内森古德要资料无果，在主脑秘密的吸引下展开了剥皮实验。因为crynet虽然开发了纳米服，但其核心技术却不在自己手上，重要资料被罗许封存，不知去向，cell想近一步撑握ceph科技，但是却连ceph武器都不能开火。反正cell自己也有纳米服战士，cell便将纳米战士列为恐怖组织，动用了很大的人力捉拿cell以外的人，一个个捉回去研究，其余的跑回去找先知求助
先知在2042年12月时来到通古斯这里后，脑海里受到不明影响产生各种景象。银背（洛克哈特）带领纳米服战士，在通古斯一条河流上将先知一行人拦住拦住。先知在掩护其他纳米战士时候，遇到了不明景象的影响，惨遭cell暗算，被几架武装直升机团团围困，用电击枪将他压制，不料他跳下瀑布落入潭水。先知上岸后被暗处的银背偷袭，一记高斯枪拿下。由于其特殊性，cell不敢轻举妄动，将他冰封在西伯利亚，日夜看守
被捕的纳米战士被cell带回剥皮实验室，用卸甲装置强行卸甲，为保存资料完整性而不使用麻醉，倒致许多人承受不了高压电流分离皮肤与甲壳之苦死在手术中，活下来的人也cell秘密处死了。连议员史崔克兰在cell的强大势力下也无法为这些英雄申诉。
赛可随后也不幸被捉回实验室，手术医生克莱儿不忍心，与联手反抗军将赛可，老鹰队长丹恩，圣人等一系列战争英雄救出。主脑意识到自己被困cell的坚牢，ceph其他成员没了他的供应能量全都沉睡，主脑于是崔发意念，让罗许速速找到先知，每崔发强劲意念都让自由穹顶上空有白光闪电，让cell科学家很费解。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－以下为三代剧情：
2047年，赛可带着丹恩在穹顶外的军舰上找到了刚被运回的，准备剥皮手术的先知。赛可用罗许给的设备破解了电磁脉冲铁笼，使其瘫痪救出了告知。先知一路上千难万险，过关斩将（第一关“超人”）
再次进入穹顶内（纽约废墟）时，先知发现要经过高空防御炮塔。之前主脑曾发动意念，准备用ceph狙击手干掉炮塔，为先知扫除障碍，不过被奈克斯拦下，将狙击手轰成烂泥。先知在穿过防空系统时，被奈克斯定义为非人类，与ceph一样被视为敌人挨揍。先知在赛可的帮助下找到了ceph武器（疾电枪），干掉了炮塔回到反抗军营地（第二关“丛林欢迎你”）
先知见到了克莱尔和crynet前任董事，纳米服设计者罗许。对于所有在场的人，先知均能识别出他们正常人类的属性；唯独检测到罗许的DNA属性不正常，既不是人类也不是ceph。先知对此也很不放心，罗许说生化装是他设计的，所以纳米服不能侦察到他，先知暂时打消了疑问。此时提到他预见的景象，又受到不明力量的影响，似乎在提醒他一些事情。但是他不明白，还是慢慢走入主脑的圈套。他炸掉了费顿水坝，导致封锁主脑的主要电力直线下降，最终关闭X系统时，由于奈克斯在切换备用电力时所产生的空当，主脑在内部将大脑打开，释放强大的能量从内部将奈克斯的封锁突破逃走、先知此时恍然大悟：原来自己预见的景象一直没有任何问题，Cell一直玩弄着他们根本无法撑控的力量，因此主脑才能这样从容的玩弄cell（第三关“万恶之源”）
主脑被cell围困20年，展开疯狂报复，圆顶下的cell束手无策。于是呼叫cell总指挥洛克哈特（银背），cell战略单位则告诉自由圆顶的人，长官有事出任务了（因为洛克哈特又找到外甥了）你们自己解决。奈克斯将主脑逃离作为头等大事启动“火星高升”程序，放弃自由圆顶。主脑行踪暴露，先知决定杀掉主脑时，意外发现了克莱而就是剥皮手术的医生，因为救其妹妹脱离cell的追债，自己去cell干活抵债从而当了刽子手。为了与ceph有所连接，先知要求打开纳米服上的枷锁，这是罗许为了不让先知被主脑意识吞噬而设计的多巴胺受体抑制剂，此时赛可发现克莱尔就是剥皮手术医生，一气之下跑了（第四关“解除武装”）
先知想用自己的力量控制ceph让其沉睡，好让奈可斯撤销大天使卫星轰击纽约。结果主脑力量太强大，没能成功。先知在从纽约珍珠桥下来时，又看到了景象，看到了克莱儿和反抗军惨遭ceph追杀的情境，看到了赛可离开后在某个地方穿梭，看到克莱儿死亡。
大天使开发计划曾被哈格瑞夫罗许叫停，在crynet公司踢掉罗许重组时又重新启动。其发射纯能量的射线，带来的破坏是毁灭性的，主脑很害怕这一武器，不停攻打大天使控制塔，为先知扫除障碍。先知得知大天使的破坏力后动身前往，取消大天使的轰炸计划，但还是没能成功拦下。奈克斯系统考虑到大天使的破坏力后，拦下大天使，使它只释放了不到5%的能量，主脑此时在罗许身上出现，感谢先知为他做的一切，感谢他帮它逃走，感谢他拦下大天使，先知恍然大悟：原来又中计了！脑袋里不停出现的人影就是罗许，而罗许早就成了ceph，难怪不能识别出他的属性。罗许关闭了先知的纳米服，赛可出手相救重启纳米服，罗许攻击赛可，克莱儿挡下，被能量打成重伤，赛可用枪打伤了罗许，先知一脚将罗许踢醒，罗许说先知身上有某种不为人知的东西，这是他与主脑最大的不同。主脑要开炮干掉先知，罗许推开他，主脑炮火轰破纳米玻璃，罗许掉下落在下面的走廊上重伤昏迷（第五关“火星高升”）
先知与赛可逃走，克莱儿获得赛可的原谅后死去。赛可将克莱儿尸体送回了反抗军抢占的cell营地，整顿后开飞机离开,与先知两人轰掉了ceph防空火炮，为战争争取机会（第六关“凡人”）
先知与主脑决战并打下对方的三个触手后，ceph把他团团包围。主脑打开大脑，强行同化他，因为主脑需要这件纳米服，需要这种科技。先知模糊的意识中听到了主脑这个生物的声音，耳语传来了魔鬼的声音&都结束了，你没有选择，虫巢的意识要吞食掉你&，让人不尽颤抖。最后关头赛可开飞机过来，给了主脑一炮，主脑转身打下了赛可，却因此没能同化先知。
打败主脑的机会只有一次，就是在它打开大脑护盖时干掉它，先知拿起复合弓射出了致命的一发爆炸箭，主脑的脑子被炸开花，ceph没有了主脑的意识支撑全部都倒地。先知被主脑召唤外星母舰的光柱能量吸入太空，回想着一幕幕往事，面对着ceph大军的到来无能为力，突然大天使卫星从面前飞过，先知打开纳米服的推进系统跳上大天使，入侵了被奈克斯控制的大天使，对准ceph母舰发射出了全部能量，毁灭了ceph母舰。大爆炸使先知坠落地球，在与大气摩擦中纳米服燃烧，钽钛合金框架瓦解，表皮的鳞片随着燃烧脱落，先知体内的纳米分子按照他个人的意愿开始重组，脱离纳米服，纳米服随着燃烧开始毁坏，内部的系统瓦解。最终先知坠入灵山岛海边，高温与海水彻底使先知的纳米服解体，先知从纳米服当中解脱，他裸身游上岸，身上全是鳞片与碳灰的痕迹。但纳米科技的结晶融入到了先知的身体中，休息数日后，身体复原成他本来劳伦斯·巴恩斯的黑人模样，不再是偷来的阿卡特兹的身体。他扔掉队友的狗牌，忘掉过去，独自游走在灵山岛（第七关“众神与野兽”）
————————————————————————————————————————以下为三代后传剧情（未验证）
赛可此时正为纳米战士所受的遭遇，去向cell董事成员，下令剥皮的赫斯特博士讨债、但cell董事会成员大多从纽约自由穹顶逃走，去了cell在全球其他的分部，受到重重戒备。即便是纽约大本营受到了ceph重创，cell在全球的力量也不可小视，政府只能说瓜分其剩余资产，并不能帮那些人伸冤。所以麦克只好自行解决cell董事会，但主要成员都跑了。
先知独自在灵山岛游走，享受悠闲的生活。不经意间，他来到曾经与赛可、海莲娜、诺曼避难的ceph洞穴，被里面的声音吸引，进洞一看究竟。里面一片废墟，继续朝前进，先知看到了24年前的他们在这里战斗的投影，继续跟随前进，穿过了这里的空间桥来到了木卫二，一个外星人在他面前显现，全身发出淡蓝色的光，令先知惊叹不已。这个外星人将自己的身份通过耳语告诉了先知，与先知沟通后，先知将他的枷锁打开，带出了这里。
原来从通过与这个外星人的连接中，先知得知他们才是真正的ceph物种，因为犯下严重的错误，远离了母星，一直生存在恶劣的星球上，数万年前探寻到这里扎根，入侵地球与火星对抗。他们在木卫二上扎根，木星本来是恒星，他们在木卫二上需要木星提供能量，他们首先就遭到火星上的对抗，他们用病毒毁灭了地球上的的生物，把所有飞船停在了地球上作基地，散播病毒，然后入侵火星，他们需要能源维持战斗力与生命，不断消耗木星上的能量，最后木星衰竭，完全失去了光茫
战争也把那个充满生命的火星变得一无所有。胜利看似来临了，不料被一颗暗行星从阴暗面撞来，将地球撞毁。暗行星与地球在火海中燃烧了很长时间，一艘主飞船被毁随着尘埃抛向太空，其余大部分被毁，部分停止运作进入休眠。暗行星经过撞击后停在了地球的远处，残缺的地球被火海包围，燃烧数久，残缺的地球在因着强大的地心引力的拉扯下，残缺的地表不断向地心收拢，形成了新貌。不久后这个行星圈一道光茫，太阳点燃了地球上的新生命，后来人类诞生了
Ceph原来为拉美蒂星人，居住在拉美蒂星系，这个星系离宇宙中心不远。拉美蒂星第跟ceph一样，在宇宙中发出淡蓝色的光茫，此星系比银河系稍大，可居住的行星很多，但是ceph原本的星球特别独特，直径比太阳还要大10倍，全星是由水构成，就是一颗水行星。星球中心有某种水晶（一种维持装置），行星被数百颗恒星照亮。起初这颗行星外面是由一层尘埃笼罩，到后来，创造ceph的更高级的生命来这里，转换了这颗星球中心的水晶能量，将这颗水星外覆盖的尘埃打破，尘埃随着降落在了这个星球表面，这层尘埃遇水产生反应，变成了这个行星的地表
地表不断长出了一种植物贯穿了水之上下，植物开出了淡蓝色的花，花粉随风落入水中，花粉中的基因随即产生了变化，诞生出了他们这个物种，他们生命周期演变漫长，从幼年长到成年得经历上百年时间，未成年以前在水下生活，成年后尾巴蜕变，长出与人类一样的腿关节，彼此可以用头上的触角沟通，也能用语言沟通。他告诉先知他叫拉美蒂，他们星球和星系就是因他而得名，他们种族成员成年后来到陆地，通过闻一种东西获得智慧，那是一种植物，所接受的知识都是来自这些容器，也正是因为这些他们才犯下错误，被赶出拉美蒂星系，一直漂流宇宙
拉美蒂人曾经设计出一架无与伦比的机器，它长有九个脑袋，每个脑袋上都有3门炮跟各种武器，这台机器非常庞大，跟劳伦斯杀死的那个主脑相似。不同的是，他设计的那台有九个头，更大，威力更猛，机器的核心充满能量。先知问他：这个机器是给谁设计的？用作什么的？ceph拉美蒂沉默了，先知又问他，是否与人类的信仰有关，是众神还是魔鬼？ceph拉美蒂回答：他被困在这个设备里几万年了之久了，亲眼看着这里发生的一切，看到了地球曾经的毁灭和重生，看到了苏美尔（火星）在战火中焚烧，看着“人”这个种族的兴衰，看着这里发生的大小事，看到了主脑挑动世界大战，各国战争，学到了在容器中学不到的更高级的智慧，这个智慧让他反省错误，让他明辨是非，让他看到罪恶的毁灭性。那个主脑，那个更高级的生命，由纯粹的光射构成，被人类称为天使或魔鬼，
在很早以前，天使团通过容器骗他们和许多其他的生命、种族参加了所谓的“宇宙中心保卫战”，在宇宙中央的一座巨大无比的星系中发动了战争，上百个种族跟随他们参战，攻陷这座星系中大大小小的星球，战争持续上百年，最终战败，他们被造物主，创造一切的那个家伙一次性终结。那个九个脑袋的机器和那些“众神”从那里坠落，一直坠落，一直坠落，一直坠落，随着强大而无比的幽暗坠落到了宇宙的边缘，人类的太阳系的冥王星上。
战败后其余的部落有的就逃走了，有的不能回家，一直在无边无际的宇宙中漂流，只能找一些环境恶劣的星球居住，而他正是被吸引到这里。也正是这里，他才发现所有的真相，最后被囚禁在这里。正因劳伦斯击败了“主脑”，打烂那个充满能量的核心，他才能有机会出来，并警告劳伦斯，“主脑是不会放弃的，一定还会卷土重来，你虽毁了他身，但你灭不了他的光辉，他心中有着大仇恨，很可能会集结其他种族报复&
先知带着ceph拉美蒂离开了这个洞穴，支撑洞穴的设备也停止了。Ceph拉美蒂很惊讶先知的变化，跟他们第一次来的时候很不一样。当提到牺牲了一个异性同伴时，先知从他那儿得知杰克·登（诺曼）还活着。
经过了准备后，先知呼叫来了赛可，赛可很惊讶先知的样子，说明情况便一起带着ceph回了cell纽约总部。回到总部后，先知看见了罗许非常吃惊，罗许则更吃惊先知的样子和他带回的这个生物。ceph来到这里后的第一件事，就是奇妙地将躺在罗许冰冻培养仓里的克莱儿救活过来，罗许将人工智能奈克斯系统的秘密告诉给了在场的人，问ceph能否办到？
先知责问罗许，到底有多少见不得人的秘密？罗许说这事很特别，她是哈格瑞夫的女儿。ceph先知告诉劳伦斯，你进化成为了“新人类”，应该跟全人类分享一杯羹，叫他们先把这个破败的星球先整理好，并提到真·主脑不会放过人类的，叫他们做准备应对，很可能会再打一次（孤岛危机4?）& &
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太长，不看。
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其实是第一部结束之后换编剧了，把一个好好的科幻战争题材变成玄幻了。
——与其过着骨肉分离的日子，不如死在贝勒爷的刀下！
——呸，你这贱汉也配死在满大爷的刀下？莫要污了满大爷的宝刀！
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其实是第一部结束之后换编剧了，把一个好好的科幻战争题材变成玄幻了。
第一部的结尾那就变成玄幻了
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其实是第一部结束之后换编剧了，把一个好好的科幻战争题材变成玄幻了。二代开发之前，一代编剧因故不在场，所以剧情变了
三代的剧情则是一代和二代编剧一起合作打补丁写的
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马克。。。
我特么的又要外出学习，说好的元旦之后俩年无外出呢。。。
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一代一个编剧，二代一个编剧，三代是一代二代的编剧一起上的，坑爹的
要不是一代的编剧被抓进局子里了也不会换编剧，搞得那么乱
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游戏很好玩，剧情很坑爹
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游戏很好玩，剧情很坑爹三代最好玩，就是剧情短了点
这样啊..........
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三代最好玩，就是剧情短了点
弓箭要捡回来太麻烦了，无声杀人很爽
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第一部的结尾那就变成玄幻了说变玄幻是因为一代里面纳米服就是一特种作战装备，虽然不是普遍装备但是没有特殊性。二代里面都是些什么功能呢？变成纳米生命体了。到第三代干脆就是自认为是普费的纳米服了。
——与其过着骨肉分离的日子，不如死在贝勒爷的刀下！
——呸，你这贱汉也配死在满大爷的刀下？莫要污了满大爷的宝刀！
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第一部的结尾那就变成玄幻了更让人不能忍的是，一代主角诺曼连个脸都没露就扑街了，还是在一外传漫画里扑街
——与其过着骨肉分离的日子，不如死在贝勒爷的刀下！
——呸，你这贱汉也配死在满大爷的刀下？莫要污了满大爷的宝刀！
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纳米服这么危险的玩意还老是有人惦记着，把它视为优秀的护甲，真不知道是胆肥还是N……
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