theses.fr – Mohamed Wassim Youssef , &Etude des interfaces logicielles/mat&rielles dans le cadre des syst&mes multiprocesseurs monopuces et des mod&les de programmation parall&le de haut niveau
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?tude des interfaces logicielles/matérielles dans le cadre des systèmes multiprocesseurs monopuces et des modèles de programmation parallèle de haut niveau
Thèse de doctorat en Informatique
Sous la direction de
Soutenue en 2006
mots clés
Today's systems-on-chip are multiprocessor. They are characterized by an increasing complexity and a reduced time to market. To tackle this complexity, the use of high level programming models seems to be a promising approach. In this work, we propose an MPSoC design flow, based on the use of high level parallel programming models API to design embedded software. An automated refinement of these API on target architecture is used. For that purpose, (1) MPSoC hardware/software int then (2) parallel programming models and their classification in terms of provided abstraction were presented. The proposed flow has been used in two design experiments: (1) an MPEG video encoder, namely OpenDivX, using the MPI parallel programming model and targeting the ARM Integrator prototyping platform, (2) a software defined radio using the CORBA parallel programming model and targeting specific hardware architecture.
Titre traduit
Hardware/Software interfaces study in the scope of multiprocessor system-on-chip and parallel programming models
Pas de résumé disponible.
Les systèmes mono-puce sont composés d'une partie logicielle et d'une partie matérielle. L'exécution de la partie logicielle sur les ressources de la partie matérielle est assuré a travers l'utilisation d'une interface logicielle/matérielle. Cette interface a une structure complexe, sa conception nécessite des compétences issues des domaines du logiciel et du matériel. Pour ma?triser cette complexité, des approches de conception de haut niveau sont requises. Dans cette optique, un flot de conception des systèmes MPSoC est proposé. Il est basé sur l'utilisation des API des modèles de programmation parallèle en vue de l'abstraction des interfaces logicielles/matérielles lors de la conception de la partie logicielle, puis de leur génération automatique en raffinant l'API utilisée sur l'architecture cible. Pour arriver à ce but, (1) une étude de l'architecture des interfaces logicielles/matérielles a été réalisé. Puis, (2) une étude des modèles de programmation parallèle et une classification en fonction de leur niveau d'abstraction a été effectué. Ensuite, le flot proposé a été utilisé pour la conception de deux applications : (1) un encodeur vidéo OpenDivX en utilisant le modèle de programmation parallèle MPI et la plateforme ARM IntegratorAP comme architecture matérielle cible, (2) une radio définie par logiciel en utilisant le modèle de programmation CORBA et une architecture matérielle spécifique comme architecture cible.
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La version de soutenance existe sous forme papiertheses.fr – Marie Dujardin , Etude des relations structurales et fonctionnelles entre le domaine 2 de la prot&ine NS5A du virus de l&h&patite C et la Cyclophiline A humaine
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defended and online theses
Etude des relations structurales et fonctionnelles entre le domaine 2 de la protéine NS5A du virus de l’hépatite C et la Cyclophiline A humaine
Doctoral thesis in Biochimie. Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Under the supervision of
defended on 25-09-2015
, under the authority of
, in a partnership with
(laboratoire)
Alternative Title
Structural and functional relationships between Hepatitis C Virus NS5A protein and human Cyclophilin A
Hepatitis C Virus (HCV) is a positive strand RNA virus that has infected more than 130 million people worldwide. Cyclophilin inhibitors hold promise as a novel anti-HCV therapy. The host protein Cyclophilin A (CypA) plays an essential role in HCV RNA replication but its molecular function is unknown. The HCV protein NS5A (in its domain 2, NS5A-D2) has been shown to be implicated in the action of CypA as resistance mutations appeared in this domain under low doses of Cyclosporine A (CsA), the well-known CypA inhibitor with anti-HCV properties. NS5A is still an enigmatic multifunctional protein poorly characterized at the molecular level. This protein is strictly required for viral RNA replication but its precise molecular function(s) remain(s) to be elucidated. Its disordered domain 2 directly interacts with host CypA and is a substrate for the peptidyl-prolyl cis/trans isomerase activity of CypA. The binding site onto NS5A-D2 corresponds to the most conserved region of the domain. In this region a mutation D316E has been shown to confer CsA resistance. In this work we identified by NMR spectroscopy a short structural motif including this particular position in the otherwise disordered NS5A-D2, and report its structure. We show that this structural motif is essential for HCV RNA replication. In addition, we analyze the structural consequences of the resistance mutation to CypA inhibitors, and the functional consequences of these mutation regarding the binding and PPIase activity of CypA. Alisporivir in a non-immunosuppressive analogue of CsA with anti-HCV activity currently evaluated in phase III clinical trials, we analyzed by X-ray crystallography the structure of the CypA-Alisporivir complex in order to provide a molecular explanation for its non-immunosuppressive character. We also describe the interaction between NS5A-D2 and the HCV RNA dependent RNA polymerase NS5B. We use two different strategies to incorporate a 19F nucleus in NS5A-D2 and explore the use of 19F NMR to monitor the interaction between NS5A-D2 and NS5B. We also investigated the structural and functional relationship between NS5A-D2 and the human Hexokinase 2 (HK2), the first rate limiting enzyme of glycolysis. NS5A-D2 interacts with HK2 and this interaction is sufficient to increase HK2 activity. These results shed new light on the mechanisms by which NS5A-D2 contributes to the HCV replication cycle.
Le Virus de l’Hépatite C (VHC) est un virus à ARN de polarité positive infectant plus de 130 millions de personnes dans le monde. Les inhibiteurs de Cyclophilines sont prometteurs en tant que nouvelles molécules thérapeutiques contre l'infection par le VHC. La Cyclophiline A, une protéine de l’h?te, joue un r?le essentiel pour la réplication de l’ARN viral mais sa fonction reste à élucider. La protéine non structurale du VHC NS5A (et plus particulièrement son domaine 2, NS5A-D2) est impliquée dans le mécanisme d’action de la CypA, étant donné que des mutations de résistances apparaissent dans ce domaine sous pression de sélection à la Cyclosporine A (CsA), l’inhibiteur connu de la CypA possédant une activité anti-VHC. NS5A est une protéine multifonctionnelle faiblement caractérisée au niveau moléculaire. Cette protéine est strictement requise pour la réplication de l’ARN viral mais ses fonctions moléculaires précises restent à élucider. Le domaine 2 désordonné de NS5A interagit directement avec la CypA et constitue un site substrat pour l’activité peptidyl-prolyl cis/trans isomérase de la CypA. Le site d’interaction au niveau de NS5A-D2 correspond à la région la plus conservée du domaine. Dans cette région la mutation D316E confère une résistance à la CsA. Au cours de ce travail, nous avons identifié et caractérisé par RMN un petit motif structural au sein de NS5A-D2 localisé au niveau de cette région particulière. Nous montrons que ce petit motif structural est essentiel pour la réplication de l’ARN du VHC. Nous avons également analysé les conséquences structurales des mutations de résistances aux inhibiteurs de Cyclophiline A, ainsi que les conséquences fonctionnelles de ces mutations de résistance vis-à-vis de la liaison et de l’activité PPIase de la CypA. L’alisporivir est un analogue non immunosuppresseur de la CsA actuellement en phase III de développement clinique. Nous avons analysé par cristallographie des rayons X la structure du complexe CypA-alisporivir permettant d’apporter une explication moléculaire au caractère non immunosuppresseur de cette molécule. Gr?ce à l’utilisation de deux stratégies de marquage de NS5A-D2 au fluor, nous avons caractérisé par RMN l’interaction moléculaire entre les protéines NS5A-D2 et NS5B,
l’ARN-dépendante ARN polymérase du VHC.NS5A-D2 interagit avec l’Hexokinase 2 humaine, la première enzyme limitante de la glycolyse, cette interaction augmente l’activité enzymatique de l’HK2. Nous nous sommes intéressés aux relations structurales et fonctionnelles entre NS5A-D2 et HK2.Ces résultats apportent un nouvel éclairage sur le r?le de NS5A-D2 dans la réplication du VHC.
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La version de soutenance existetheses.fr – Jean-Paul Lassaire , Les savoirs savants dans les repr&sentations du m&tier d'&ducateur sp&cialis&
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Les savoirs savants dans les représentations du métier d'éducateur spécialisé
Thèse de doctorat en Psychologie sociale
Sous la direction de
Soutenue en 1999
mots clés
Objet historique de controverses, voire d'antagonismes, la question du savoir chez les educateurs specialises a regulierement oppose les defenseurs d'un modele vocationnel a ceux qui se reclamaient d'un modele technique. Comment aujourd'hui les educateurs specialises produisent-ils et partagentils des modalites de pensee tenant lieu de connaissances professionnelles ? comment s'approprientils cognitivement la realite complexe des destinataires de leur action ? comment donnent-ils du sens a leurs conduites ? autrement-dit, quelle place les theories scientifiques tiennent-elles dans les representations sociales qu'ils elaborent a propos de leur metier. Cette recherche met en evidence && les constructions de savoirs && des educateurs specialises. Il s'agit particulierement de processus de negociation cognitive revelant les marquages sociaux de la pensee (theories scientifiques, ideologies, sens commun) et ses determinations par les cadres de pratique (implication quotidienne). Les entretiens et le questionnaire menes aupres de 275 sujets font apparaitre que les educateurs specialises participent soit a des modeles culturels des origines du metier (ideologie morale), soit a des modeles plus savants. Mais la theorie des representations sociales permet aussi de rendre compte des conciliations de perspectives epistemologiquement differentes sous formes de && theories metisses &&. Enfin, ces professionnels peuvent detenir plusieurs systemes d'interpretation du reel qu'ils mobilisent selon la contrainte ressentie dans l'action. Les representations sont alors a comprendre comme des && theories de l'eprouve &&.
Titre traduit
Scientific knowledge in representations of the professional activity of youth workers
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