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【求助】linux下的高斯可以加几个任务
如题,一个比较基础的问题.
[ Last edited by erylingjet on
at 11:08 ]
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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢！ 2-12 12:45handongxue1011(金币+4,VIP+0):谢谢你的回复! 2-12 15:27
没有试过上限，但3-5个没有问题，可以更多。
多了之后速度会变慢，如果同一时间的任务数把cpu 全部占据了，就没有不要增加了。
可以写一些脚本，当一个任务完成后自动执行下一个任务，达到最大利用资源的目的
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引用回帖:Originally posted by bay__gulf at
没有试过上限，但3-5个没有问题，可以更多。
多了之后速度会变慢，如果同一时间的任务数把cpu 全部占据了，就没有不要增加了。
可以写一些脚本，当一个任务完成后自动执行下一个任务，达到最大利用资源的目的 可以写一些脚本，当一个任务完成后自动执行下一个任务，达到最大利用资源的目的,是不是得编程呢,可以给我一个这样的脚本吗?
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★ xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 2-12 20:17
就是一个批处理，把你所要做的计算的命令一条一条地列在里面即可……
你要告知别人你的操作系统是啥……
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★ ★ xuefei06(金币+2,VIP+0):thanks！ 2-12 20:17
linux下有一个很简单的脚本
#!/bin/bash
for i in *.gjf
就可以实现批处理，当一个任务错误时候会马上计算下一个。还可以扩展上其他的功能，比如更规范的输出文件名，全部计算结束后关机等，此处从略
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★ xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 2-12 20:18
呵呵,也可以装个作业排队系统啊.例如openpbs
差距，差距啊！
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引用回帖:Originally posted by bay__gulf at
linux下有一个很简单的脚本
#!/bin/bash
for i in *.gjf
就可以实现批处理，当一个任务错误时候会马上计算下一个。还可以扩展上其他的功能，比如更规范的输 ... 谢谢!
${i}.out是在这里把我的文件名都列在其中是吧.
${1,2,3}.out
是这样的吗?
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★ ★ xuefei06(金币+2,VIP+0):thanks！ 2-13 21:09
i 是一个变量名，${i} 在shell 脚本中表示取变量值的意思。
for i in *.gjf 是指i 分别取当前目录下的gjf 文件。
do& &done 表示循环开始和结束。
这个脚本可以直接用，不需要修改
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求助VASP提交多个任务连续计算脚本
请问VASP有什么脚本能使提交多个任务连续计算吗？（一个计算完了，下一个自动开始计算）或者有什么方法能实现？
可是自己不知道怎么写呢（我这倒是有个高斯的shell脚本，但是应该不能通用吧），我初学者，请具体帮一下吧，谢谢
网上百度找一下shell的基本指令，比如如何读取、写入文件就可以。
说白了就是把你平时读取写入提交命令放在一起
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扫描下载送金币高斯作业提交pbs脚本示例
PBS是一个批处理作业和计算机系统资源管理软件包。它原本是按照POSIX
1003.2d批处理环境来开发的。这样，它就可以接受批处理作业、shell脚本和控制属性，作业运行前对其储存并保护，然后运行作业，并且把输出转发回提交者。下边的pbs脚本就是运行高斯的一个例子。
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=2:ppn=8
#PBS -l walltime=860:00:00
#PBS -j oe
JOBNAME=test397.gjf
echo "We work on:"
cat $PBS_NODEFILE
cd $PBS_O_WORKDIR
# Setup for Gaussian 03:
# =======================
# Make a scratch directory if it doesn't already exist.
GAUSS_SCRDIR=/state/partition1/scratch/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBCOOKIE
if [ ! -a $GAUSS_SCRDIR ]; then
& &echo "Scratch directory
$GAUSS_SCRDIR created."
& &mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
export GAUSS_SCRDIR
echo "Using $GAUSS_SCRDIR for temporary Gaussian 03 files."
ls -l $GAUSS_SCRDIR
# Define the location where Gaussian was installed and run
# a setup script, g03.profile.
export g03root=/share/apps/gauss
source $g03root/g03/bsd/g03.profile
# Define node list
cat "$PBS_NODEFILE" |uniq &
$GAUSS_SCRDIR/tsnet.nodes
echo "Gaussian03 Linda nodes:"
cat $GAUSS_SCRDIR/tsnet.nodes
export GAUSS_LFLAGS=" -mp 2 -vv -nodefile
$GAUSS_SCRDIR/tsnet.nodes"
echo "PBS nodefile:"
echo "++++++++++++++++++++++++++++++++++++"
cat $PBS_NODEFILE
echo "++++++++++++++++++++++++++++++++++++"
#Run a Gaussian command file
echo "Starting Gaussian run at" `date`
time g03l $JOBNAME
echo "Finished Gaussian run at" `date`
echo "Removing GASUU_SCRDIR:"
echo "$GAUSS_SCRDIR"
rm -Rf $GAUSS_SCRDIR
Linux下运行高斯Gaussian
03的命令只在后台运行并输出为test.log文件：
g03&test.gjf&&
需要在屏幕上显示并输出为test.out文件：
g03&&&test.gjf&|tee&test.out
不在屏幕上显示并输出文件为test.out文件：
g03&&&test.gjf&&test.out&&
在Linux中对当前目录下所有Gaussian gjf输入文件用g03进行批处理
在 Linux中批处理运行Gaussian 03的shell脚本如下：
#!/bin/bash
for&&inf&&in&*.gjf
outf=`echo&${inf}|tr&"gjf"&"out"`
g03&&&&&${inf}&&&&&${outf}
作用：把当前目录下所有的gjf文件用g03 计算，文件扩展名自动改为out。
上述脚本解析
#!/bin/bash
在shell 脚本中，以#开头的行是注释，但在文件最开始的以#!
开头的行指定解析这个脚本所用的程序。此处是bash，还可以是csh,python, tcl等若干。
for&inf&in&*.gjf
循环，变量为inf，变量取值为当前目录下的所有*.gjf 文件。
outf=`echo&${inf}|tr"gjf"&"out"`
${inf}: shell中变量取值时候需要在前面加$, 当变量名为多个字符时候最好用{}
echo ${inf}: 显示inf 的值，此处在每次循环时候为某一个*.gjf 的文件名
echo ${inf}|tr "gjf""out" : 把inf 替换为out，为同windows
下的g03兼容，用out做后缀
outf=`echo ${inf}|tr "gjf""out"` :给outf 赋值
g03&&&${inf}&&${outf}
用g03 计算，从inf 输入，outf 输出
g03进行批处理gjf文件脚本的使用方法
1.将脚本文件另存为batch_g03.sh，然后用chmod命令给它加上可执行权限：
chmod u+x batch_g03.sh
2.把批处理脚本文件放到一个PATH 包含的路径下面（如g03目录下）
3.从终端进入存放gjf输入文件的目录，然后输入“batch_g03.sh
&”即可依次计算改目录下的所有gjf 文件。
4.最后输入 exit命令关闭终端即可。
注：也可以直接batch_g03.sh批处理脚本直接放到gjf文件所在目录里面，然后输入./batch_g03.sh亦可执行批处理。
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以上网友发言只代表其个人观点，不代表新浪网的观点或立场。高斯批量计算脚本（unix&shell）
最近的工作中，涉及到较多高斯输入文件的计算，每个文件计算的时间长短不一。有20分钟的，还有一周左右的。更长的当然也有。以前师兄就告诉过，说是我这种情可以用批处理的方法。当时没怎么留意，因为感觉到当时的计算量也不算大。最近，当计算文件多到一定程度的的时候，不得不考虑了一下如何弄这个批处理了。
查阅、搜索各种方法尝试之后，得到下面的文件（实际运行高斯存在问题，就是数个程序连续被添加到任务当中，top查看，很多l***.exe的进程。以下第一部分代码，可以忽略。但是为了保存文章的原生态，还是保留文本吧。能够运行的继续补充在后面。）：
#!/bin/bash
# gaussian calculation
# blog .cn/b
*.&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&
# read all input file
com=$i;&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&
# input file name
out=${i:0:-3}&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&
# output file name
&&& echo "The
input file is: "$i;
此处的等待时间属于和g03同时开始计时
$out&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&
以上过程运行上存在问题，后只能按照这样的思路来解决。首先读取文件夹当中所有的*.com文件；然后针对不同的输入文件生成运行语句并在运行于巨后面添加“&&”意思为只有语句设定的进程成功运行之后，才能接着运行下一个命令。
下面为实际代码：
#!/bin/bash
# gaussian calculation
# blog .cn/b
cmd=run.&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&
& # 输出命令行存放的位置
"clear\n"&$&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&
# 输出清除屏幕命令到外部文件
*.&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&
&& # 读取文件格式满足"*.com"的文件
{&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&
&& # Start 循环满足上面格式的文件
com=$i;&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&
& # 输入文件名赋值给com
out=${i:0:-3}&&&&&&&&&&&&&&&&&&&
&& # 输出文件名赋值（截掉后三位并添加out）
& printf "g03 &$com|tee
$out&&\n"&&$&&
# 将高斯运行命令（追加）输到外部文件并换行
done&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&
循环满足上面格式的文件
"clear\n"&&$&&&&&&&&&&&&&&&&&&&
# （追加）输出清屏命令到外部文件
得到的外部文件（run.sh）如下图所示（仅供参考，不同计算过程有差别）
以上得到的run.sh文件可以按照以下过程运行（计算所用系统：ununtu 12.04LTS 64位）：使用方法：
1）将第一个文件赋值，保存文本为fileName.sh
2）将文件放置在计算输入文件的目录
3）命令行切换到计算目录
4）./fileName.sh
4.1）如果提示提示权限不够，chmod fileName.sh
5) 运行完4）中命令后，在相同文件夹得到文件run.sh
6)./run.sh开始一个接一个的计算
<font COLOR="#.1）如果提示提示权限不够，chmod fileName.sh
文件在本地测试运行没有问题，而且好多语法没有仔细去看。当中肯定涉及到很多错误与不足之处，欢迎批评指正。
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